Prödl empezó su carrera futbolística en un equipo de su ciudad natal, el SK Sturm Graz.
Su debut en liga se produjo el 9 de diciembre de 2006 en la derrota que sufrió su equipo (0-1) ante el SV Mattersburg.
En 2008 fichó por el Werder Bremen alemán, equipo que ha realizado un desembolso aproximado de 2,5 millones de euros para hacerse con sus servicios como lateral (ignorar la información de arriba, pese a su gran envergadura, es lateral no central) El Arsenal FC insistió en su contratación en 2010 y en 2011, finalmente el club inglés firmó al defensa alemán Per Mertesacker.
En ese torneo fue titular en todos los partidos (8) y anotó un tanto.
Los dos primeros los marcó en el mismo partido, el 26 de marzo de 2008 contra los Países Bajos.