En 1952 fue asesinado por un militar mientras se encontraba en condición de prisionero en Colombia, tras habérsele negado el asilo político en Chile.En su registro parroquial fue considerado como hijo natural ya que sus padres no estaban casados, por lo que adoptó el apellido de su madre, Belarmina Fajardo, y no el de su padre, Marcos Buitrago.Su madre falleció cuando el tenía 11 años y su padre fue asesinado en 1948 en medio de La Violencia.En medio de la división política que vivía Colombia en esa época, Fajardo construyó un comando gaitanista, con el cual desarrolló «una propaganda que no tardó en conquistar el afecto y las simpatías del campesinado».Según Fajardo, la familia Bustos que tenía un considerable poder Yacopí, hizo que el conservador Mariano Ospina Pérez ganara las elecciones presidenciales en el municipio, a pesar de que los miembros de clan también apoyaban al liberal Gabriel Turbay, quien se enfrentaba a Gaitán en el seno del partido liberal.Este hecho fue interpretado por Fajardo como una manifestación de la división entre élites liberales y conservadoras frente a los gaitanistas.[8] La división liberal a nivel nacional permitió el triunfo de Ospina Pérez.[9][10] Sin embargo, la proyección de Gaitán, quien se consolidó como jefe único del partido liberal, sumada a la mayoría liberal en el congreso, no permitió al conservatismo desarrollar cabalmente sus políticas.[11] Estando en Bogotá, Fajardo se enteró del ataque del ejército contra su farmacia: «mi casa fue totalmente destrozada; la droguería asaltada y saqueada; los mostradores hechos pedazos; los muebles de la casa, los cuadros y los enseres, destrozados.En esa situación, Fajardo se dirigió al gobernador de Cundinamarca buscando protección, pero no encontró respuesta.[8] Fajardo huyó con una escolta de ocho personas y sus guerrillas se limitan a la autodefensa.El subversivo fue alojado en la residencia de Barrenechea que se encontraba en el mismo edificio, donde le fue puesta a su disposición la habitación cedida por las hijas del poeta, que en ese momento eran menores de edad.[12] Fajardo manifestó haber entablado una cercana relación con el embajador y su familia durante las dos semanas que permaneció en la sede chilena ubicada en la avenida Caracas entre calles 34 y 35 del barrio Sagrado Corazón en la Localidad de Santa Fe.[14] En consecuencia, el embajador Barrenechea se abstuvo de participar en los trámites de la entrega de Fajardo,[15] y envió un cable diplomático a González Videla: «Inhumana actitud vuestro Gobierno al negar asilo concedido por mí, provisionalmente, a un guerrillero colombiano, es incompatible con conciencia pueblo chileno, tradición nuestra Cancillería y mis personales convicciones.En consecuencia, renuncio indeclinablemente a continuar representándolo como Embajador ante Gobierno de Colombia».En conversaciones con el periodista Hernán Millas dijo que Fajardo «Pudo escoger cualquiera otra embajada.[17] Compareció ante un juez especial designado para las actividades subversivas que había acometido en el noroccidente de Cundinamarca.[20] Un día antes del asesinato de Fajardo, las Fuerzas Militares lanzaron un ataque contra la “chusma liberal” en Ibama, Yacopí y La Palma.El manuscrito original permanece extraviado y se conocen únicamente dos copias que reposan incompletas e inconclusas en la Biblioteca Nacional de Colombia y en el Archivo General de la Nación.[25] Fajardo lanzó improperios contra el «irresponsable fraile» a cuyo discurso definió como una de las razones por las que no llegaba la paz en Yacopí y por el contrario sí se seguía persiguiendo los «líderes del bandolerismo».