Rafael Rey se inició en el ámbito político cuando participó en la fundación del Movimiento Libertad, liderado por Mario Vargas Llosa, en 1987.
[3] En agosto de 1992, Rey se alejó del Movimiento Libertad y luego fundó su propio partido, Renovación Nacional con el que luego participaría en las elecciones constituyentes convocadas por Fujimori para la creación de una constitución política.
Para las elecciones generales del año 2000, Rey realizó una alianza con el partido Coordinadora Democrática de José Barba Caballero para lanzar luego la candidatura del exalcalde Federico Salas-Guevara a la presidencia de la república.
[6] La coalición fue nombrada como Agrupación Independiente Avancemos y Rey integró la plancha presidencial de Salas y postuló por cuarta vez al Congreso de la República en las elecciones parlamentarias, logrando solo tener éxito como congresista nuevamente para el periodo 2000-2005.
[8] En el parlamento, Rey apoyó junto a José Barba Caballero y José Luis Delgado Núñez el proyecto de ley que favorecía a los militares que participaron en la Operación Chavín de Huántar.
[13] Esto fue duramente criticado debido a que fue tomado como burla hacia las víctimas del sismo.
[14] Rey permaneció en el cargo hasta su renuncia en octubre del 2008, donde fue reemplazado por Elena Conterno.
[16] Permaneció en el cargo hasta el 15 de septiembre del 2010, siendo reemplazado por Jaime Thorne León.
[21][22] El 27 de julio del mismo año, Rey fue nuevamente juramentado como parlamentario andino para el periodo 2011-2016.
Ha criticado también a la Comisión de la Verdad y Reconciliación que redactó un informe sobre la época del terrorismo.
[27][28] Rafael Rey también es cuestionado por sus vínculos con el gobierno de Alberto Fujimori, en donde fue relacionado con el condenado Vladimiro Montesinos.
Según diferentes pruebas, Rey es mencionado por Montesinos como un “amigo personal” en un vladivideo y también sobre sus nexos con el exministro fujimorista Víctor Malca Villanueva y con Óscar López Meneses, operador montesinista acusado de varios casos de corrupción.