[2]​ En medio de esto, llegó una llamada de un funcionario del gobierno norteamericano quien les comunicó que si los atentados senderistas continuaban con el mismo salvajismo mostrado en Tarata y la frecuencia con la que se venían desarrollando los atentados, se iba a evaluar una intervención multinacional en Perú, lo que significaba el fin del régimen de Fujimori y el inicio a una transición democrática.

[18]​ Luego de la reunión, el general Juan Nolberto Rivero Lazo (jefe del Servicio de Inteligencia del Ejército (SIE)), mediante una llamada encriptada, le comunicó al general Luis Pérez Documet que en las próximas horas "un grupo especial del ejército" ingresaría a La Cantuta por lo que Pérez Documet debía ordenar al jefe de la base militar acantonada en la universidad que franqueara el ingreso del pelotón especial.

La orden comunicada por Rivero Lazo fue dictada por Hermoza Ríos quien lo recibió de Fujimori.

[17]​ La orden dictada era detener, mas no ejecutar, a los responsables del atentado refugiados en La Cantuta.

La operación quedó en manos de Santiago Martín Rivas, líder del Grupo Colina.

Navarro se marchó mientras Martín Rivas les dijo a Sosa, Chuqui y Supo que "tenemos un trabajo en La Cantuta.

Los miembros del Grupo Colina notaron que Martín Rivas estaba afectado por la cerveza.

A cien metros de la universidad, Martín Rivas ordenó detener los vehículos.

Media hora después, regresaron con el teniente José Velarde, quien les autorizó el ingreso.

[24]​ Por otra parte, las tropas a cargo de Pérez Documet rodearon la universidad.

Los estudiantes recibieron la orden de taparse con frazadas y salir al exterior, siendo separados en dos grupos.

Tras cesar la música, los estudiantes fueron trasladados a los pasillos y puestos boca abajo.

Sosa llamó al agente Tena y le pidió que la identificara.

[26]​ Tras esto, se dirigieron a buscar al profesor Hugo Muñoz Sánchez, quien fue sacado con el rostro cubierto.

[28]​ Los seleccionados fueron:[29]​[30]​ En el camino, Martín Rivas empezó a detener su vehículo de forma intermitente, lo que motivó que Sosa le preguntara a Pichilingue (otro agente miembro del Grupo Colina) sobre las intenciones de Martín Rivas.

Tras tomar un desvío, Martín Rivas ordenó bajar la velocidad y seguir a su vehículo.

En el trayecto, Martín Rivas dejaba estacionado su auto, bajaba y luego de unos minutos proseguía la marcha.

Tanto para Sosa como para Pichilingue, Martín Rivas estaba buscando un lugar para enterrar los cuerpos.

Según Sosa, aquellas palabras enervaron a los demás miembros de Colina que, para ese momento, estaban indecisos.

[39]​[40]​ Tras las ejecuciones, Pérez Documet recibió una llamada de Rivero para influir en Portella si se empezaban las investigaciones.

Su documento señalaba que el Grupo Colina había secuestrado, torturado y asesinado a las víctimas enterrándolas en una fosa común.

Posteriormente, tal como se señaló durante una investigación iniciada por el Congreso, miembros del Grupo Colina exhumaron, incineraron, y volvieron a enterrar los cuerpos en otra ubicación.

[43]​ En junio de 1993, Justo Arizapana Vicente, un reciclador que se encontraba por la zona durante la masacre, y su amigo Guillermo Catacora, entregaron un plano al congresista Roger Cáceres Velásquez y al periodista de Radio Comas Juan Jara Berrospi.

[44]​ Cáceres compartió luego el plano con la revista Sí que lo publicó en julio de ese año.

Adicionalmente, en diciembre de ese año, un fiscal levantó cargos contra varios miembros del ejército.

Presentó evidencias de que Fujimori, actuando en conjunto con Vladimiro Montesinos, ejerció control sobre el Grupo Colina.