La ciudad fue trasladada a una nueva ubicación, unos diez kilómetros al suroeste, al quedar destruida tras un ataque del pirata inglés Henry Morgan, a comienzos de la década de 1670.
Considerada como el primer asentamiento europeo en la costa pacífica de América, quedan hoy varias ruinas que conforman este sitio arqueológico.
Pese al desarrollo alcanzado, las condiciones del lugar no fueron las mejores desde un principio.
El sitio original estuvo abandonado por varios años, hasta que sus ruinas fueron paulatinamente recuperadas.
Se dio su construcción por medio del Obispo Fray Tomás de Berlanga en 1535.
[4] Las ruinas de la torre fueron intervenidas arquitectónicamente para permitir que los visitantes pudieran usarla como mirador.
Hacia 1640 se empezó una nueva iglesia de calicanto, la cual estaba inconclusa cuando sobrevino el ataque a la ciudad en 1671.
[9] El Ayuntamiento panameño se instituyó en 1521, cuando Carlos V otorgó a Panamá el título de ciudad.
Aproximadamente en 1540 se levantaron unas casas, que funcionaron inicialmente como vivienda particular del alcalde.
No fue hasta 1583 que finalmente se logró construir un edificio para celebrar las reuniones del Cabildo.
El temblor de 1621 destruyó el edificio, que para 1640 ya se había alzado nuevamente.
Este museo está dividido en tres capas: la prehispánica, la colonial y la moderna.