Una vez atracados los galeones, sus bodegas eran vaciadas en la playa y empezaba el comercio con las mercancías.
No obstante, la confusión reinante y la escasez de efectivos impedían que cumplieran adecuadamente su labor.
A pesar del mar de riquezas que pasaba por esta población, sus habitantes permanentes eran escasos.
La poca guarnición española se refugió en el castillo de San Jerónimo, donde resistió el ataque del filibustero.
Con este mensaje, Henry Morgan le envió su pistola al gobernador de Panamá, con el recado de que con ella había tomado Portobelo, y que regresaría para recuperarla en Panamá.
Al finalizar la hostilidad entre los reinos de Inglaterra y España en el siglo xviii, se hizo segura la navegación comercial por Cabo de Hornos, al extremo sur del continente.
Los pocos navíos que aún llegaban a Panamá, no generaban los ingresos necesarios para satisfacer las necesidades del istmo.
La decadencia económica que sobrevino en Panamá, como punto de tránsito dedicado al comercio, perduró hasta la construcción del Ferrocarril Transístmico en 1855.