[12] Desde el poblado de Cruces, los pasajeros y mercancías seguían después su recorrido en bote, siguiendo el curso del río Chagres, hasta su desembocadura en el Fuerte de San Lorenzo, en Chagres,[8] y después, por vía marítima hasta Portobelo.
[8] Tras el saqueo y destrucción de Panamá la Vieja, en 1671, a manos de piratas ingleses, y la posterior reconstrucción de la ciudad en San Felipe (actual Casco Antiguo), el eje de los caminos reales cambió también, en dirección al nuevo emplazamiento,[13] y en el caso del Camino Real de Cruces, se mantuvo la vieja ruta hasta el antiguo poblado de Limarrete (situado entre la actual Avenida Madden y el rio Caimitillo) y desde allí se trazó y construyó un nuevo itinerario en dirección a San Felipe.
[14][15][16] [cita requerida] Este nuevo segmento del Camino Real de Cruces es el más conocido, por ser el que se utilizó hasta el siglo XIX, pero semi oculto en la selva, se encuentran también una buena parte de los restos del primitivo camino, que conducía de Limarrete a Panamá la Vieja.
[17] Con el paso del tiempo, tanto la vegetación de la selva, como el desarrollo urbano y la especulación inmobiliaria (en las zonas cercanas a la Ciudad de Panamá) han hecho desaparecer parte del primitivo empedrado del Camino, por lo que en la actualidad sólo es posible ver segmentos de dicho empedrado en zonas de interior del parque nacional Camino de Cruces y del Parque nacional Soberanía, así como en el barrio de Clayton y sus alrededores, todos ellos con rehabilitaciones más o menos recientes.
Esta ruta está bien identificada y parcialmente señalizada con balizas de color naranja; y se puede recorrer a pie, en dos o tres etapas:[cita requerida] - Etapa 1 - Desde Venta de Cruces hasta la intersección con la Avenida Madden (10,82 km.)