El activismo y la influencia de Sala han suscitado tanto reconocimiento como controversia.Su detención suscitó preocupación nacional e internacional por los derechos humanos, y grupos como Amnistía Internacional y las Naciones Unidas pidieron su liberación, argumentando que su detención tenía motivaciones políticas.[5][6] La Corte Suprema pidió con carácter urgente medidas para que se cumpla con lo ordenado por la CIDH en cuanto al arresto domiciliario de Milagro Sala y para salvaguardar su vida y estado de salud.Fue adoptada por una familia de clase media que la crio en el barrio Bajo Azopardo.[nota 1] Muy joven, sin embargo, logró formar un grupo de danzas folclóricas, Los Nativos Jujeños, con los que llevó adelante varios espectáculos, y hasta viajaron a la provincia de Córdoba para una función.[16] A los dieciocho años fue arrestada debido a que se la vinculó con un robo, y luego se le abrió una causa por amenaza de homicidio, robo, asociación ilícita y prostitución.[24] Sala comenzó su militancia como delegada en la seccional local del sindicato ATE, que forma parte de la CTA.[28] La Túpac Amaru se caracteriza por defender la inclusión de minorías, como el colectivo LGBT y los pueblos indígenas, teniendo como modelo político a Evo Morales.«El vínculo con el kirchnerismo es leído por la organización, por un lado, en términos instrumentales (en tanto posibilitador de nuevos recursos) y por otro lado, como construcción estratégica, entendiendo al estado como un espacio de resistencia y construcción política.[36] El senador Gerardo Morales afirmó que se habría tratado de un «enfrentamiento entre mafias», mientras el esposo de Sala, Raúl Noro, dijo que «no hubo un enfrentamiento, hubo emboscada y atentado contra Milagro Sala y contra la Túpac».[38] Milagro Sala y el abogado de la organización Túpac Amaru, Luis Paz, responsabilizaron al senador Morales por el intento de asesinato, asegurando que los autores materiales del ataque «son los mismos que pintan y ponen pasacalles para los radicales».[40] Según sus defensores, las críticas a Sala contienen un «fuerte componente racista, machista, clasista y xenófobo», ya que en gran parte de los comentarios se logran identificar «la no adscripción a lo que se espera de una mujer pública, con cuestiones de sexualidad, atravesada por la raza, la etnia, la clase y la educación».Luego, fue liberada por la primera causa, pero en el mismo acto fue ordenada su prisión preventiva por la nueva acusación.[55] En el mismo sentido se expresó la OEA (Organización de los Estados Americanos).Morales acusó del escrache al Gobierno nacional y a Milagro Sala en particular.[65] Finalmente, Sala fue imputada por «daño agravado y amenazas simples» en el grado de «instigación».[67][66][68] La causa fue declarada prescrita debido al tiempo que pasó desde el hecho, pero luego la misma Cámara de Casación decidió reabrir la causa bajo el delito de «amenazas coactivas» (un delito que reviste una condena superior al de «amenazas simples», por lo cual no se encuentra prescripto).Durante el juicio, se comprobó que Milagro Sala no se encontraba en el escrache y únicamente un testigo indicó a Sala como «instigadora», René Arellano.El testigo se declaró en el juicio como «desocupado», sin embargo la defensa de la dirigente presentó un informe que prueba que había ocultado en el juicio que ―desde mediados de 2016― es empleado del Gobierno de Gerardo Morales, por lo cual la sentencia se retrasó cinco días.Durante la investigación, cinco testigos ―entre ellos dos policías― declararon haber visto a Páez bajar de un auto y disparar un arma.[79] En febrero de 2016, cuando Sala ya se encontraba detenida, el juez de la causa, Pablo Pullen Llermanos, procesó por encubrimiento, y solicitó la prisión preventiva a Sala por considerar que «favoreció» a Jorge Páez.[79][82] Ávila, quien en sus declaraciones desvinculó a Milagro Sala de los hechos, continúa detenido.[84] Asimismo, se ha vinculado con este apriete el homicidio del sobrino de Cardozo, Nelson Mariano Cardozo, quien fue hallado ahorcado en la cárcel donde se encontraba detenido; la autopsia reveló que murió producto de golpes, y que quienes lo asesinaron intentaron «simular su suicidio».Por esta causa han sido detenidos ocho oficiales del Servicio Penitenciario de Jujuy.[86][81] En septiembre de 2017, Fabián Ávila interpuso un habeas corpus, en el que denunció que el juez Pullen Llermanos lo había instigado a denunciar a Sala a cambio de otorgarle la libertad; por su parte, los dos abogados de la dirigente social presentaron una recusación contra el juez basada en esa denuncia,[87] la cual fue recusada por Pullen Llermanos.Pese a que toda la causa contra Sala está basada en las declaraciones de Páez, quien había estado prófugo durante muchos años y estaba preso en el momento de sus declaraciones, en octubre de 2017, el mismo juez sancionó con multas a los dos abogados, alegando que lo habían hecho de forma «maliciosa» ya que Ávila estaba en ese momento preso y había estado algunos meses prófugo.[100] Los jueces Mercau y Pullen Llermanos otorgaron la prisión domiciliaria a Milagro Sala, no en su domicilio familiar en San Salvador de Jujuy, sino en una vivienda a su nombre en las cercanías del dique La Ciénaga, en la localidad de El Carmen,[101] que había sido completamente saqueada durante el tiempo que Sala había pasado en la cárcel y que estaba inhabitable.El juez ordenó no informar del traslado a la defensa, lo cual asegura la indefensión jurídica de la procesada.[120] En diciembre del año 2022, el Presidente de la Nación Alberto Fernández declaró que no indultará a Milagro Sala porque la Constitución se “lo prohíbe”, y que solo podría suprimir penas en delitos federales.[121] En enero de 2023, varios senadores, diputados, sindicatos y organismos de derechos humanos le reclamaron nuevamente al presidente Alberto Fernández que firme el indulto para la dirigente social.
Milagro Sala en el funeral de Néstor Kirchner (Buenos Aires, 28 de octubre de 2010).
«Milagro libre». Pintada de militantes pidiendo la libertad de Milagro Sala en la Marcha Anual por los Derechos Humanos, en Buenos Aires, el 24 de marzo de 2016.