A comienzos del siglo XIX, la postrada economía del Istmo se reactivó, a causa de las medidas tomadas por España, la cual le dio autorización al comercio con posesiones extranjeras en el Caribe.
Estos ante la invasión de Napoleón Bonaparte en la península ibérica, enviaron fuertes donativos en dinero y especias a las juntas que luchaban contra tal imposición en el trono español.
Sin embargo estos proyectos no prosperaron, a pesar de que aún en 1801 Miranda y otros conspiradores en Londres pretendían apoderarse de puntos estratégicos en Panamá para así fomentar actividades mercantiles; así como para atraer a más criollos del continente, para que levantaran las armas contra el Imperio Español.
Continuando rumbo al Oriente la escuadrilla echó anda en la ensenada de Buenaventura el día siguiente, desembarcando sin dificultad 300 hombres que, bajo el mando del doctor Juan Elías López de Tagle, emprendieron la marcha sobre Portobelo, arrollando las avanzadas españolas en el camino y tomando posiciones dominantes cerca del castillo de Santiago.
A la mañana siguiente se disponía MacGregor iniciar el ataque sobre la fortaleza, supo que el Gobernador, Juan M.Van Herch, con la guarnición había abandonado durante la noche la plaza, circunstancia que le permitió entrar en la ciudad sin ninguna oposición.
Los ingleses estaban confiadamente entregados a los placeres y la orgía, habiéndose en pocos días relajado la disciplina en las filas, mermadas además por las enfermedades.
La plaza fue sorprendida en la madrugada del citado día, pudiendo Santa Cruz adueñarse sin mayores esfuerzos del edificio de la Aduana, donde cayeron prisioneros y fueron degollados sin misericordia con otros varios oficiales, los doctores López y Vargas.
MacGregor logró, junto con algunos compañeros, lanzarse al agua y ganar a nado los buques, salvándose así de una segura e ignominiosa muerte.
Más tarde fueron destinados al servicio de las obras públicas en Panamá, Portobelo y el Darién.
Hore regresó con el ejército vencedor á la capital, donde se le hizo un aparatoso recibimiento.
El plan de Cancino consistía en atacar el istmo por tres frentes al mismo tiempo: por el Pacífico debía hacerlo Illingworth con quien hace poco había establecido comunicaciones, por el Caribe el corsario francés Louis-Michel Aury a quien contactó desde su base en la isla de Providencia, y finalmente por la región del Darién, las fuerzas gran colombianas con el apoyo de los indígenas Kunas que eran favorables a la causa patriota.
El general Rafael Urdaneta fue designado para conducir la expedición que se mandó preparar al efecto en Santa Marta; más por impedimento físico de aquel jefe, se nombró como sustituto al coronel Bartolomé Salom.
Debido a ello realizó un viaje hacia el Ecuador con el propósito de formar un batallón y desde este punto geográfico arremeter contra los granadinos.
Inclusive la Iglesia católica apoyaba el movimiento independentista de Panamá y contribuyó con fondos para la causa.
[5] El obispo José Higinio Durán y Martel lidero este partido peruanista por considerar que Colombia no tenía los recursos suficientes para consolidar la independencia.
[7][8] E incluso la elite mercantil del istmo consideró ponerse bajo la protección de potencias extranjeras europeas, como un Estado hanseático.
Inmediatamente, Fábrega ordenó que todo hombre apto para tomar un fusil o una espada, se armase y prestase servicio en defensa de la nación ya emancipada.
Una vez más, las habilidades diplomáticas y la fortaleza de carácter de Fábrega, lograron producir una tregua, que les permitió a los navíos españoles permanecer en las aguas que comenzaban a reconocerse como colombianas, lo estrictamente necesario para reabastecerse y partir.
El coronel Fábrega sabía que un enfrentamiento militar con los españoles hubiese dejado graves secuelas.
Fue su primer conflicto como gobernante, que se resolvió satisfactoriamente, y su gobierno inició con bases sólidas.