Viajó luego a Madrid, siendo nombrado predicador del rey, pero debido a la invasión de las fuerzas napoleónicas a España en 1808, tomó el servicio militar y logró salir de Madrid en octubre de 1809.
Debido a sus servicios prestados se le consideró que ocupara el cargo de obispo del istmo de Panamá en 1818.
Durante su cargo, pudo palpar el sentimiento de emancipación de la población, por lo que el obispo Higinio Durán se adhirió eventualmente a la causa popular.
El obispo si bien dio su firma en el acta, fue el único miembro de los firmantes que actuó como disidente.
Tras la independencia del dominio español, el obispo Higinio Durán mantuvo su cargo eclesiástico hasta 1823, cuando falleció en un viaje pastoral en la localidad de Chepo.