[2]​[8]​[1]​ Al año siguiente nació su hermano, Felipe José Cayetano de Fábrega.

La primera desgracia de la familia Fábrega ocurrió en 1778, cuando muere Carlos, dejando en la orfandad a sus dos hijos.

[2]​ Le antecedieron gobiernos de gran importancia que fueron reviviendo el deseo independentista en los istmeños, entre ellos podemos mencionar los siguientes: (- Nota: escrito en muchos textos: Mourgeón o Murgeón) Preocupada la Corona cada día más del progreso de la lucha por la emancipación en América, dispuso mejorar la condición defensiva del Istmo, aumentando su guarnición y confiando el mando del país al brigadier Tomás de Cires.

Para destruir ese peligro, acordaron los patriotas comentar la deserción en filas del elemento militar, reuniendo para el caso, un fondo con el concurso pecuniario de varias prominentes personas.

Panamá, iría representado por un diputado al Congreso de la Gran Colombia.

Como era de esperarse, José de Fábrega se opuso enérgicamente al golpe de Estado liderado por Espinar; pero las pugnas internas y los intereses particulares consiguieron que, cuando este último partió hacia Veraguas para combatir con el contingente que había organizado Fábrega, el coronel Juan Eligio Alzuru;[20]​ a quien Espinar había dejado al mando; lo derrocó en su ausencia.

Fábrega y el coronel José Antonio Miró; que había hecho la campaña del Perú; [21]​ formaron en Santiago, capital de Veraguas, una división respetable, y con ella se pusieron en marcha sobre Panamá el 15 de agosto.

Alzuru fue juzgado y ejecutado por sus crímenes, en el mismo patíbulo que había levantado para cercenar muchas vidas en la plaza de la Catedral.

Por todo ello, fue distinguido con el más alto reconocimiento por parte del general Simón Bolívar, quien lo nombró "Libertador del Istmo" y expresó sentimientos de admiración, al saber que Panamá había sido segregada por sí misma.

Prevengo a V. S. como Jefe Superior Político, como Capitán General con las prerrogativas de Virrey (tan luego como lo permitan las circunstancias) que me hace el Rey responsable de la pacificación del Reino encargándome guardar y haga guardar la Constitución Política de la Monarquía Española, y ser fiel a su persona, cuyo juramento he hecho y V. S. deberá hacer mañana en el sitio y hora que le prevenga, por consiguiente a nadie entregare el mando que al que le presente Título Real así para lo Militar como para lo Político y esto precediendo el aviso de la Secretaría de Estado del Despacho de la Guerra y Ultramar, o el mío por si juzgase que V. S. es más interesante en otro puesto removerlo.

la plausible nueva de haberse decidido el istmo por la independencia del dominio español.

Separadamente, en otra oportunidad que me ofrezca más tiempo, haré a V. E.

su alta protección en todos los sentidos para poder conservar a la República de Colombia un punto tan interesante, pues la desgracia que ha abrumado al Istmo de tres años acá, lo ha dejado en la impotencia de no poder sufrir los cuantiosos gastos que se imponen para ponernos en el respetable estado que tanto demandan las circunstancias.

Señor, la efusión de mi gratitud es inexplicable al haber tenido la satisfacción, única capaz de llenar el corazón humano, cual es el merecer la confianza pública en circunstancias tan críticas, para gobernar el Istmo independiente; y sólo puede corresponder a tan alta distinción, con los sacrificios que estoy decidido a hacer desde que me fue consagrado, como deseaba, a la patria que me ha visto nacer, y a quien debo cuanto poseo.

Usted y ellos lo verán comprobado en el paquete de impresos que incluyo en esta ocasión.

Jamás los habría tratado como enemigos, porque sus miras y su política no es la de los conquistadores; pero el anticiparse esos pueblos a proclamar sus derechos y su incorporación a la república, ha evitado los desastres que siempre son inherentes al estado activo de la guerra.

Yo me complazco en declarar a los pueblos del Istmo que el Gobierno de Colombia los acoge con transportes de júbilo, que los mirará sin distinción a los demás pueblos libres de la República, y que los gobernará por las leyes por las cuales gobierna a los departamentos antiguos.

Ya debe estar en Portobelo una gruesa columna de tropas destinada a guarnecer y conservar ese territorio, y el Libertador Presidente, que ha tomado a su cargo dar la liberación a los desgraciados habitantes de Quito, habrá abierto la campaña desde su Cuartel General de Popayán.

Usted debe contar con que es un deber del gobierno velar sobre la seguridad de ese importante país, cuidar de su buena administración y propender a la prosperidad; mas entre tanto que se expidan las órdenes convenientes al respecto, el gobierno no duda que usted sostendrá firmemente la resolución de ese benemérito pueblo, mantendrá la tranquilidad interior y la voluntad manifiesta de su unión a la república.