Sobre los nervios de piedra, las bóvedas son de ladrillo a tizón y en sus paramentos extremos, son obra posterior, del siglo XIV, dos altas capillas que perforan los muros con arquivoltas ojivales y se desarrollan entre los contrafuertes.
Las dos últimas de este lado son más amplias y están techadas con crucería diagonal.
Allí erigieron una primera iglesia convertida en eremitorio, la zona de albergue-hospital y el cementerio.
Durante muchos años estuvo junto al Santo Cáliz de la Cena, hasta que este último fue colocado en el Aula Capitular donde se venera.
Podemos apreciar el estilo románico en sus puertas laterales, formadas por un arco de medio punto y con tímpano delimitado por lisas dovelas.
En la zona cementerial se construyó la capilla hospitalario-funeraria, elemento inseparable de la arquitectura hospitalaria medieval.
La capilla situada en el lado norte se une al presbiterio por un elevado arco trilobulado de gran belleza.
En lo alto del muro oeste se halla el acceso a la Cámara Oculta.
Está situada dicha capilla al sur del templo, separada por una antigua verja de hierro.
Saqueado e incendiado en 1936, el estado del edificio era tal que llegó a pensarse en derribarlo.
El académico Elías Tormo, junto con otros valencianos ilustres lo impidieron con sus protestas y argumentos, consiguiendo que en 1943 fuera declarado Monumento Artístico Nacional.
Pero el olvido siguió a este logro y durante unas décadas se utilizó para actos públicos profanos, e incluso para cine.
Encomendado por la Diócesis de Valencia al Opus Dei en 1967, se restableció el culto con la consiguiente restauración artístico-arquitectónica.
Cada vez son también más quienes colaboran como voluntarios para poder desarrollar diversos proyectos o acciones, tanto desde la misma Iglesia a través de su Centro Social, como en diversas Residencias o con grupos determinados de personas.
La acogida, ayuda y atención personalizada a personas migrantes es otro de sus objetivos, también en el marco espiritual.
Los voluntarios desarrollan una importante labor dedicando parte de su tiempo a diferentes acciones y proyectos.