[2]​ Reinando en Pamplona García Íñiguez y Galindo Aznarez I, conde de Aragón, comienzan a favorecer al Monasterio.

El rey García Sánchez I concedió a los monjes derecho de jurisdicción, y sus sucesores hasta Sancho el Mayor, continuaron esta política de protección.

A raíz del último de ellos, se construyó el Monasterio Nuevo.

En este momento se levanta el conjunto que hoy queda, en mayor o menor medida.

[3]​ El pequeño recinto ofrecía un cerramiento diáfano en forma de arcadas separadas por columnas.

Los arcos se veían rematados con cenefas con el típico taqueado jaqués.

Seguramente el maestro de Agüero solo elaboró los capiteles para dos alas del claustro ya que a finales del siglo XII el monasterio entró en franca decadencia.

Se trabaja con bajorrelieves casi todos dominados por un horror vacui muy acentuado que provoca contorsiones en algunas figuras que superan el propio marco sacando un brazo como en la escena de Jesús y los Apóstoles.

La mayor parte del fondo documental del Monasterio se trasladó al Archivo Histórico Nacional de Madrid, donde se encuentra en la sección de Clero.

Esta realidad se recoge en las cámaras que actualmente muestra el monasterio y en las diferentes excavaciones que se han llevado a cabo en el actual monasterio viejo.