(…) Los nobles tienen un papel secundario; son los dirigentes militares, pero ya no mandan mesnadas feudales, sino ejércitos desiguales de ciudadanos y mercenarios.

En estas agitadas Cortes no se resolvió el conflicto que enfrentaba a la oligarquía y la monarquía.

Asimismo Juan continuó con la política filoremensa, lo que le enfrentó con los señores laicos y eclesiásticos de la Cataluña vieja también representados en las Cortes.

El 14 de mayo se encontraron padre e hijo en Igualada y al día siguiente hicieron su entrada conjunta en Barcelona.

[16]​[17]​ Según Carme Batlle, era una «auténtica revuelta contra el monarca», ya que la nueva institución se atribuía «funciones de soberanía popular».

[19]​ «La monarquía capitula, en desastrosas condiciones, ante el levantamiento de Cataluña», sentencia Vicens Vives.

Ante este anuncio y la noticia de que los remensas se preparaban para enviar una embajada a la corte para pedir la entrada del rey en Cataluña, el Consejo del Principado, dominado ya por la facción antijuanista, decidió el 5 de marzo formar un ejército para acabar con la rebelión remensa ―decisión que fue ratificada tres días después por los diputados de la Generalitat―.

[37]​ Como ha afirmado Jaume Vicens Vives, «la revolución y la guerra civil se iniciaban, a la par, con la sangre de aquellas víctimas barcelonesas».

[37]​ Según F. Xavier Hernández Cardona, «la oleada de terror reaccionaria fue lo que precipitó la Guerra Civil e impidió una solución negociada».

Sin embargo, dentro de la Força ―bombardeada diariamente― empezaron a faltar los alimentos y las municiones, por lo que la situación era cada vez más angustiosa.

Eran unas duras condiciones para Juan II, pero, como ha destacado Jaume Vicens Vives, «la situación desesperada de su esposa e hijo en Gerona, el desencadenamiento de la revolución en Cataluña, no le dejaban abierta otra puerta.

En su avance hacia el sur, fue hostigado desde la costa por el ejército del conde de Pallars, que evitó un choque frontal dada su notable inferioridad y su intención de alcanzar Barcelona intacto para participar en su defensa.

Durante la reunión se solicitó la presencia del embajador catalán Joan Copons para que explicara la propuesta y este pidió «que el rey los aceptase por vasallos, pues ya le tenían elegido por su rey, y el señorío de Aragón e Cataluña le pertenecía».

Este ya se había brindado a las autoridades catalanas en noviembre de 1462 para recibir el señorío del Principado, siendo rechazada cortésmente su propuesta.

Sobre todo, se lo imaginaron como un ‘’condottiero’’ que llevaría a buen puerto la guerra contra Juan II».

[79]​[74]​ Este descalabro para la causa rebelde obligó a Pedro de Portugal a abandonar su forma autoritaria de detentar poder y restablecer en agosto el Consejo del Principado, el principal organismo revolucionario, que había disuelto cinco meses antes.

[84]​ Según este mismo historiador, «el triunfo de Calaf señaló un punto decisivo en la guerra revolucionaria.

Aragón, Valencia, Mallorca y Sicilia, hasta entonces más o menos expectantes, se entregaron decididamente a la causa real».

La situación se agravó cuando en marzo Pedro cayó enfermo y a partir del 29 de mayo ya no pudo abandonar el lecho.

[90]​ Según Carmen Batlle, a su muerte en junio de 1466 la guerra ya estaba perdida.

[78]​ Tras la muerte del Condestable, como ha señalado Carme Batlle, «era el momento propicio para la paz»,[78]​ como lo prueba que en Barcelona habían aumentado considerablemente los partidarios de poner fin a la guerra.

Este aceptó solo cuando el rey de Francia Luis XI le hizo saber en secreto que contaba con su apoyo.

Por temor a verse atrapado entre dos fuegos, levantó su campamento y el 3 de septiembre entró en Barcelona.

Según Jaume Vicens Vives, fue «uno de los más hábiles discursos que jamás ha pronunciado un político».

Y conforme esta avanzaba, el clima de derrota se iba extendiendo entre las filas «rebeldes».

Respecto a la existencia de dos Diputaciones del General, una realista con sede en Tarragona y la otra «rebelde» con sede en Barcelona, se tomó la decisión salomónica de fusionarlas, aunque esto no tenía demasiada importancia, ya que faltaban pocos meses para que se cumplieran los tres años de mandato y entonces la Diputación del General volvería a estar integrada por tres diputados y tres oidores.

El 17 de octubre Juan II —«aquel anciano de setenta años, incombustible, medio ciego, que a menudo había dirigido personalmente las tropas»—[107]​ entraba en Barcelona siendo recibido, según Jaume Vicens Vives, con «verdadero alborozo» por los barceloneses, los mismos que diez años antes se habían levantado contra él.

Los festejos por el fin de la guerra se prolongaron durante los dos días siguientes, «olvidando por unas horas, la riqueza perdida, la industria arruinada, las víctimas sacrificadas, los odios creados…», concluye Vicens Vives.

Con este dinero, los señores fueron indemnizados y al monarca se le pagó una multa de cincuenta mil libras.

Los señores continuaron teniendo derechos sobre los campesinos cultivadores, pero no de la forma humillante que había prevalecido hasta aquel momento.