Se otorga desde el año 1957, en el que la FIAPF (Federación Internacional de Asociaciones de Productores de Films) otorgó al Festival de San Sebastián la categoría A y lo reconoció como festival competitivo no especializado.
En las ediciones de 1953 y 1954 sólo se premió a películas españolas.
En 1963 los premios se otorgaron de manera extraoficial.
Entre 1980 y 1984 no se otorgó la Concha de Oro como tal, al perder el Festival la categoría A de la FIAPF, concediéndose, en su lugar, un Gran Premio de la Crítica Internacional.
Se han entregado, asimismo, dos premios Concha de Oro Honorífica, a Luis Buñuel en 1981 y a Carlos Saura en 2007.