Khleifi nació y se crio en la ciudad eminentemente mixta de Nazaret, al norte de Israel, y emigró a Bélgica en 1970,[1]​ donde estudió dirección televisiva y teatral en el Institut National Supérieur des Arts du Spectacle (INSAS).

Tras graduarse en el INSAS, trabajó en la televisión belga antes de comenzar a producir sus propias películas.

[1]​ En 1987, Michel Khleifi rodó Boda en Galilea, que se convirtió en la primera película palestina en ser proyectada en el Festival de Cannes, donde ganó el Premio Internacional de la Crítica.

[1]​ En esta película hizo su debut la actriz árabe israelí de origen palestino Hiam Abbass.

[1]​ Protagonizada por Makram Khouri, Bushra Qaraman, Mohammad Bakri y Hana Ne'meh, cuenta la historia de un chico de 12 años que conoce a una "chica gitana", y cómo en su día a día conviven con los asaltos de las unidades especiales del ejército israelí y con los jóvenes milicianos palestinos.