Como capitán general de la armada, realizó numerosas pero cortas travesías entre España y América, por lo que al momento de confiársele la alta responsabilidad en el Perú ya estaba un tanto familiarizado con el Nuevo Mundo.
Para poner en vigor tales leyes, y a la vez terminar con el espíritu de insubordinación que mostraban los conquistadores y extirpar el germen del feudalismo que pretendían trasplantar a América, el rey juzgó conveniente enviar al Perú a un funcionario altamente caracterizado que era la máxima autoridad: el virrey, desplegando un gran boato y provisto de extensas facultades y que fuera un verdadero representante de la Monarquía Hispánica, de su poder real y de la persona misma del soberano.
Las últimas instrucciones que recibió del Emperador Carlos V fueron No sospechaba Carlos V cuán caro había de costar a su fiel servidor el cumplimiento de este mandato.
El virrey y su comitiva desembarcaron siendo recibidos con festejos; al segundo o tercer día se pregonaron las ordenanzas o Leyes Nuevas y comenzaron los disgustos entre los vecinos, sobre todo por la pérdida de posesión de sus indios esclavos, al ser obligados a enviarlos de regreso a sus tierras nativas.
Gonzalo Pizarro marchó al Cuzco, donde fue magníficamente recibido y proclamado procurador general del Perú para protestar contra las Leyes Nuevas ante el virrey y si fuese necesario, ante el propio emperador Carlos V, en abril de 1544.
Luego se puso en marcha hacia Lima, negándose a reconocer la investidura de Núñez Vela.
Los oidores arribaron a la capital virreinal instalándose oficialmente la Real Audiencia, que debía ser presidida por el mismo virrey.
A Antonio del Solar (el encomendero de Barranca y supuesto autor del pasquín antes citado) quiso ahorcarlo en su propia casa, pero a instancias del arzobispo y otras personalidades, se limitó a encarcelarlo; luego los oidores lo pusieron en libertad al no hallar justificación de su prisión.
Illán tenía un hermano llamado Benito Suárez de Carbajal, quien militaba en el bando gonzalista y juró vengar su muerte.
Se dirigió a Quito, donde reunió tropas leales al Rey, formando un nuevo ejército para combatir la rebelión y restablecer su autoridad.
Enterado Gonzalo Pizarro, salió de Lima con sus fuerzas y se dirigió al norte, llegando a Trujillo.
El virrey retrocedió entonces, temiendo el poderío de su adversario y volvió a Quito a marchas forzadas, largo y fatigoso trayecto que realizó mientras era perseguido muy de cerca por Gonzalo, apenas combatiendo muy poco.
Luego se dirigió más al norte, hacia Popayán (actual Colombia).
Mientras tanto, el capitán Diego Centeno se sublevó en Charcas, alzando la bandera del rey.
Cuando los espías del virrey descubrieron el engaño era ya tarde para retroceder.
Benito Suárez de Carbajal, hermano del factor Illán, halló moribundo al virrey tendido en el campo y auxiliado por el clérigo Francisco Herrera, y después de prodigarle los más groseros insultos, se dirigió a degollarle.
Gonzalo Pizarro ordenó traer a Quito el cuerpo del virrey Blasco Núñez Vela y retirar de la picota su cabeza, demostrando que dicha infamia había sido hecha sin su consentimiento; luego lo hizo enterrar honoríficamente en la iglesia mayor de la ciudad.
El caudillo rebelde asistió personalmente al entierro y mandó decir misas por su alma, ordenando que todos llevasen luto por su muerte.