[8] El cabildo se reunió poco después y muchos hablaron indignados por la matanza, resolviendo exigir la salida de las tropas limeñas, un perdón a todos los involucrados en la junta, organizar una guarnición formada por quiteños, dejar entrar al criollo Carlos de Montúfar en la ciudad y formar una nueva junta, esta vez encabezada por el obispo José de Cuero y Caicedo.
[1] Sin embargo, Tacón se adelantó hasta Carlozama y cerca del río Bobo capturó una avanzadilla patriota.
[21] Luego, los hombres del teniente coronel Montúfar recibieron aún más refuerzos y Tacón debió retirarse a Imbue, aunque después intentó detener el avance enemigo en Chupadero, fracasando.
[24] Sabiendo que proteger una línea defensiva era abandonar la otra y viendo como sus partidarios empezaban a abandonarlo, Tacón decidió retirarse a Patía, cerca de la costa, con la esperanza de reorganizar sus fuerzas y reconquistar Popayán.
[29] Por su parte, los pastusos en una contestación para Caicedo escrita el 11 de septiembre se mostraron proclives a capitular.
[30] El 13 de septiembre, en La Cruz, Caicedo escribió una carta a Santacruz exigiéndole capitular.
[30] En cambio, Barona Mesa dice que entró acompañado de sólo 20 pero luego le siguieron 600.
[36] Una cifra mucha más alta da Herrera Enríquez, quien sostiene que 3.000 hombres marcharon contra Pasto desde Cali.
[27][33] Por último, otro historiador colombiano, Jesús María Henao, afirma que eran cerca de 1.000 plazas.
[37] Respecto de los pastusos, Earle los estima en apenas 1.000 plazas, siendo superados cinco a uno por los quiteños.
[2] Finalmente, el 16 de septiembre,[27] Checa logró tomar por asalto el paso de Funes, pero Arboleda se confundió (quizás su guía lo traicionó) y terminó en un punto llamado Calabozo, donde era vulnerable al fuego de los fusiles enemigos y no podía atacar sus posiciones por la selva, aunque la misma vegetación le dio protección a la unidad patriota.
[2] Sólo cuando la división del teniente coronel Montúfar llegó, unos 600 soldados,[39] el día 20 de septiembre, la situación cambio.
[1] Con esta victoria parecía que toda resistencia a la independencia en las tierras entre Caracas y Quito había desaparecido.
[7] Los caleños entraron en la ciudad dos días después que los quiteños, el 24 de septiembre,[44] sin embargo, estos últimos no podían mantenerla y la cedieron, pues su gobierno había sido vencido por los realistas en el sur y necesitaban todas sus fuerzas para defenderse.
[33] El teniente coronel Montúfar cedió la ciudad a pesar de algunas resistencia del gobierno quiteño y Caicedo se dedicó a continuar el bloqueo de Barbacoas, comenzado cuatro meses antes por un oficial llamado Mariano Ortiz.
[47] Otro problema fue que las ambiciones territoriales de los quiteños aumentaron hasta el río Mayo.
[49] Luego estableció castigos a toda persona relacionada con las guerrillas, destierro, pérdida de bienes, prisión elevada y hasta pena capital, haciéndose distinciones entre plebeyos y patricios a la hora de administrar justicia.
[54] Sucedía que la victoria sobre los pastusos fue breve,[55] pues los guerrilleros patianos atacaron Popayán el 27 de abril, pero fueron vencidos por Alejandro Macaulay.