Navegó junto con Cristóbal Colón en su primer viaje al Nuevo Mundo, en 1492, como capitán de la carabela La Niña.Se casó dos veces, la primera con María Teresa Rodríguez, que le dio dos hijas: Ana Rodríguez y Juana González La segunda, al regreso de su último viaje a Yucatán, en 1509, con Ana Núñez de Trujillo, con la que convivió en Triana hasta su muerte.Los Pinzón, asumiendo sus responsabilidades como líderes naturales de la comarca, atacaron carabelas que transportaban fundamentalmente trigo.Ese mismo año, la Corona decide permitir a particulares que realicen viajes de descubrimiento.Contingencia grave, porque lógicamente no sabían guiarse por las estrellas del cielo austral.Pasados della, tuvieron una terribilísima tormenta que pensaron perecer; anduvieron por aquella vía del Oriente o Levante otras 240 leguas".Ante la actitud hostil de los indígenas, deciden izar las velas y seguir navegando hasta que llegaron a:Sin embargo, este hecho, así como una cruz encontrada por la expedición de Diego de Lepe, y que según el profesor Juan Manzano no les hubiera sorprendido tanto, ni Juan de la Cosa la hubiera reseñado en su famoso mapa, si hubieran creído que la habían colocado allí los hombres de Yáñez, son los endebles argumentos con los que este autor pone en duda que el verdadero descubridor del Brasil fuera Pinzón, y atribuya, sin más, dicho mérito a la expedición del portugués Duarte Pacheco en 1498, que nadie sabe exactamente a dónde fue, porque las circunstancias políticas aconsejaron mantenerla en secreto.Tampoco nadie le disputó el título de descubridor y primer explorador del río Amazonas, lugar donde tuvo lugar el enfrentamiento relatado, en la boca del Pará, y del que se marcharon entristecidos a causa de los muertos, hasta llegar a lo que creyeron otro río que se encontraba a 40 leguas.Así pues, en el Amazonas concluyeron los descubrimientos, estrictamente hablando, de Pinzón por tierras brasileñas.Con viento noroeste navegan entre varias islas, muy fértiles pero poco pobladas por la crueldad de los caníbales.Estaban desesperados cuando, afortunadamente, al cesar la tempestad volvió la carabela que creían perdida, tripulada por 18 hombres.Afirma el cronista Pedro Mártir que «Con estas dos naves hicieron rumbo a España.[3] Este viaje, que fue el más largo e importante realizado en la época por sus resultados geográficos, fue en cambio un desastre económico.Generalmente se suele decir que la falta de recursos del capitán palermo le impidió realizarlo.Sin embargo, Yáñez podía conseguir crédito cuando era necesario, aunque fuera a muy altos intereses.Juan Manzano y Manzano intenta demostrar que Pinzón volvió a esas tierras por él descubiertas en 1504, en un gran esfuerzo por aclarar la confusa narración de Anglería sobre el último viaje de Vicente Yáñez donde mezcla sus andanzas con Solís por el golfo de México con una vuelta a las tierras halladas en 1500, en un periplo absurdo y sin sentido.La verdad es que las andanzas de Vicente Yáñez entre 1502 y 1504 aún no están aclaradas.Sí quedó constatada su presencia en América durante esos años, probablemente para cumplir con sus obligaciones como Capitán General y Gobernador de Puerto Rico, la isla que había descubierto su hermano Martín Alonso Pinzón durante el segundo viaje de 1493.
