Cuando Lepe llegó a la desembocadura del Amazonas, estaban fondeadas allí las cuatro carabelas que formaban la expedición de Vicente Yáñez Pinzón.

Lepe no se detuvo, sino que siguió navegando hacia el noroeste y comenzó desde allí sus descubrimientos.

[2]​ Tras visitar Tobago y Guadalupe, en Puerto Rico las expediciones se separaron, siguiendo Pinzón hacia La Española (Santo Domingo), mientras Lepe ponía rumbo a España, arribando a mediados de agosto de 1500.

[2]​ En 1501 fue autorizado a un segundo viaje mediante capitulación Real y realizó algunos más.

Alonso se casó con Catalina Venegas en Puerto Rico y su hijo, Hernán Pérez de Valenzuela, fue alcalde ordinario en San Juan.