Fue maestre, o sea, segundo de a bordo, en la carabela Pinta cuando desde ésta se descubrió América.

Esto hizo que al regreso de la expedición el Almirante Cristóbal Colón le tuviese entre las personas no gratas.

Por eso, cuando muere Martín Alonso, pasa a ocupar su sempiterno rol de “segundón” con Vicente Yáñez.

Sin embargo, en 1498 participó en el tercer viaje de Colón, en el que el Almirante llegó por primera vez al continente.

Seguramente, ya entonces Vicente Yáñez Pinzón pensó en ir a descubrir por cuenta propia, para lo cual necesitaría información de primera mano sobre las navegaciones del Almirante.