Pintó también el retablo mayor del Real Monasterio de la Encarnación, en Madrid, entre 1613 y 1617, presidido por una monumental Anunciación (conservada in situ, aunque el retablo fue modificado posteriormente).
Concurrieron al mismo Velázquez, Angelo Nardi, Eugenio Caxés y el propio Carducho.
En ese año y por su influencia, consiguió reducir un impuesto sobre pinturas que era una pesada carga sobre los artistas de la época, y cuatro años más tarde logró la supresión total del mismo; poseía una concepción aristocrática del artista, quien a su juicio debía poseer una formación filosófica y humanista, por más que en la época se consideraba al pintor poco menos que a un mayordomo y un trabajador manual.
En su taller de la calle de Atocha, auxiliado por sus discípulos Bartolomé Román (1596-1659) y Félix Castello (nieto del Bergamasco), llevó a cabo el encargo, que le tuvo ocupado durante seis años.
Tras la exclaustración de los cartujos en 1835, el monasterio estuvo abandonado hasta que en 1954 el Gobierno del General Franco lo cedió en usufructo vitalicio a la orden de San Benito.
En 1634-1635 le fueron encomendados a Vicente Carducho tres cuadros de grandes dimensiones, destinados a decorar el Salón de Reinos del Palacio del Buen Retiro, dentro de un ciclo pictórico en el que intervinieron otros grandes artistas, como Zurbarán, Velázquez o Maino.
Carducho fue el artista que más obras aportó al conjunto, después de Zurbarán y Velázquez.