Los eruditos lituanos Stanislovas Rapalionis y Abraomas Kulvietis estaban entre los primeros profesores de la universidad.
Al principio estaba formada por cuatro facultades: teología, medicina, filosofía y derecho; más tarde se añadió la de ciencias naturales.
En el siglo XVII, fue conocido como el hogar de Simon Dach, que fue rector en 1656/57, y sus compañeros poetas.
Dos años después, Friedrich Wilhelm Bessel estableció su destacado observatorio al lado del jardín.
Otros profesores universitarios están considerados gigantes del mundo de la ciencia, tales como el filósofo Johann Gottlieb Fichte, el biólogo Karl Ernst von Baer, el matemático Carl Gustav Jacobi, el mineralogista Franz Ernst Neumann (1828-1876) y el físico Hermann von Helmholtz (1849-1855).
Los matemáticos Alfred Clebsch y Carl Gottfried Neumann (ambos nacidos en Königsberg y educados bajo Ludwig Otto Hesse) fundaron los Mathematische Annalen en 1868, que pronto se convirtieron en la revista matemática más influyente de la época.
El edificio en el centro de la Paradeplatz fue erigido en un estilo neorrenacentista según los planes diseñados por Friedrich August Stüler.
Debajo había nichos que contenían estatuas de los reformadores protestantes Martín Lutero y Felipe Melanchthon.
En la Dritte Fliess Strasse estaba la Palästra Albertina, creada en 1898 para alentar las formas superiores de deporte entre los estudiantes y los ciudadanos.
Cerca se encontraban las oficinas gubernamentales, adornadas con pinturas murales de Knorr y Schmidt.