La segunda mitad del siglo xvii estableció las bases para que Prusia se convirtiese en uno de los jugadores principales en la posterior política europea.

Los derechos de la corona polaca para con Prusia serían legalmente revertidos si la línea dinástica Hohenzollern se extinguía.

En 1701, Federico III, elector de Brandeburgo, se proclamó «rey en Prusia» y todos los vínculos con Polonia desaparecieron.

Legalmente, la unión personal entre Brandeburgo y Prusia continuó hasta la disolución del Sacro Imperio en 1806.

Sin embargo, para esta época la soberanía superior del emperador sobre el imperio se había convertido en una ficción legal.

[8]​ Mientras Jorge Guillermo había pretendido ser neutral al principio, la presencia del ejército de Wallenstein le obligó a unirse al campo imperial católico en el Tratado de Königsberg (1627) y aceptar guarniciones.

[10]​ Jorge Guillermo no concluyó una alianza, pero concedió a los suecos derecho de paso, dos fortalezas y subsidios.

[11]​ Federico Guillermo asumió el poder en Brandeburgo-Prusia en época de crisis demográfica, económica y política causada por la guerra.

[16]​ Los margraves brandeburgueses habían buscado desde hacía tiempo expandirse hacia el norte, dando a Brandeburgo acceso al mar Báltico.

[25]​ Menos afectado fue el ducado de Prusia que solo se vio implicada marginalmente en la guerra,[5]​ y Minden.

[26]​ Estos últimos sin embargo siguieron una política de neutralidad y rechazaron ayudar a la campaña de Federico Guillermo, a la que se opusieron todavía más en los estados imperiales así como los locales.

[33]​ Para entonces, Federico Guillermo había logrado también su segunda pretensión, que era financiar el ejército independientemente de los estados.

[38]​ La alianza demostró ser victoriosa en la batalla de Varsovia en junio, elevando la reputación internacional del elector.

[39]​ Sin embargo, al estar en mejor posición la coalición antisueca, Federico Guillermo cambió de lado y el rey polaco Juan II Casimiro Vasa confirmó su soberanía sobre Prusia, pero no en Ermland, en el Tratado de Wehlau-Bromberg en 1657.

[5]​ El ducado legalmente revertiría a Polonia si la línea dinástica Hohenzollern se extinguiera.

[44]​ Aunque fue una escaramuza menor desde una perspectiva militar, la victoria de Federico Guillermo resultó tener un enorme significado simbólico.

[49]​ Para 1678, Federico Guillermo había tomado la Pomerania sueca y ocupado la mayor parte del territorio, con la excepción de Rügen que detentaba Dinamarca-Noruega.

Sin embargo, Prusia estaba fuera del imperio, y los Hohenzollern tenían allí plena soberanía.

[55]​ Algunos asesores dudaban que fuera un plan practicable, y en cualquier caso la corona solo era valiosa si la nobleza europea lo reconocía, sobre todo el emperador.

[56]​ Hasta 1787, los documentos papales siguieron hablando del rey prusiano como «margrave de Brandeburgo».

[63]​ Para reducir la influencia de los estados, Joaquín Federico en 1604 creó un consejo llamado Geheimer Rat für die Kurmark ('Consejo Privado para el Electorado'), que en lugar de los estados iba a funcionar como consejo supremo asesor del elector.

[65]​ En 1689, se creó una nueva cámara central para todos los territorios prusiano-brandeburgueses, llamada Geheime Hofkammer (desde 1713: Generalfinanzdirektorium).

[69]​ Como Federico Guillermo no fue capaz de reunir esa suma, pidió a varias personas y a las ciudades hanseáticas que invirtieran en el proyecto, pero dado que ninguno fue capaz, o quiso, entregar suficiente dinero, el tratado con Dinamarca fue anulado en 1653.

[69]​ En 1675, después de su victoria en Fehrbellin y el avance prusiano-brandeburgués en la Pomerania sueca durante la Guerra Escanesa, Federico Guillermo decidió establecer una armada.

[72]​ En Pillau (hoy Baltiysk) en la costa de Prusia oriental, Raule estableció astilleros y amplió las instalaciones portuarias.

[71]​ Después del Tratado de Saint-Germain-en-Laye (1679), la armada fue usada para atacar a barcos suecos en el mar Báltico, y en 1680, seis buques prusiano-brandeburgueses capturaron el navío español Carolus Secundus cerca de Oostende para presionar a España para que pagase los subsidios prometidos.

[73]​ También en 1684, el puerto de Emden en Frisia Oriental reemplazó a Pillau como la principal base naval prusiano-brandeburguesa.

[74]​ En 1679, Raule presentó a Federico Guillermo un plan para establecer colonias en la Guinea africana y el elector lo aprobó.

[81]​ Un cuarto fuerte se construyó en un manantial cerca del pueblo de Taccrama, entre Großfriedrichsburg y Dorotheenschanze, llamado Loge o Sophie-Louise-Schanze.

[81]​ En total, la colonia comprendía aproximadamente 50 kilómetros de costa, y no se extendió tierra adentro.