En esa temporada,[1] Samarios logró la mayor goleada en la historia del Fútbol colombiano, un 12-1 sobre Universidad Nacional.Para 1954 el Unión se retiró faltando una fecha para concluir el torneo, siendo este el precedente de la desafiliación del equipo en 1955.[16][17] La gran final del año tuvo al Deportivo Cali como local contra el Unión en el partido de ida.La vuelta jugada en el Estadio Eduardo Santos tenía al Deportivo Cali con ventaja de 0-2, pero Raúl Peñaranda (66') y Ramón Rodríguez (86'), marcaron los goles del empate final 2-2[18][19] que le dio al Unión Magdalena su primer y hasta el momento único título en el Fútbol Profesional Colombiano.[23] La participación en la Copa Libertadores se reflejó en el Campeonato Colombiano, debido a que el Unión Magdalena finalizó último de la reclasificación (puesto 14 con 38 puntos).El equipo que en su nómina contó con jugadores como Luis Francisco 'Chicho' Pérez, Miguel Ángel Gasparoni y Didi Valderrama, entre otros, quedó cuarto de la reclasificación con 52 puntos, accediendo a los cuadrangulares semifinales.Allí, ganó el Grupo B superando a Santa Fe, Deportivo Cali y Once Caldas.No obstante, el club fue penúltimo de la reclasificación, con 27 puntos en 1987,[34] y último al año siguiente con 20 unidades.[36][37] Una vez más, la última temporada de la década marcó el cambio futbolístico del Unión, con jugadores como Jorge Ramoa, Roberto Granados, y Carlos Trucco.Luego de ser cuarto durante el año con 56 puntos, Unión estaba en los cuadrangulares semifinales, Grupo B, como líder con 7 puntos, las mismas unidades del Atlético Nacional, y superando a Santa Fe y Deportes Quindío, pero el asesinato del árbitro Álvaro Ortega hizo que la Dimayor declarara desierto el campeonato.[38][39] El Campeonato colombiano de 1989[40] fue cancelado debido al asesinato del árbitro Álvaro Ortega, por lo que no hubo campeón.La final de este campeonato la disputaría con Independiente Santa Fe; donde empataron 0-0 en el primer choque en el Estadio Eduardo Santos, y en el partido definitorio cayó derrotado en Bogotá con un marcador 2-1, otorgándole el título al cuadro Cardenal, consiguiendo así el subcampeonato para el Ciclón.[41][42][43] Administrado por la familia Dávila de Santa Marta, el Unión se mantuvo en la máxima categoría del fútbol profesional colombiano ocupando posiciones intermedias.[45] En esa temporada el Deportivo Unicosta le propinó al Unión dos contundentes goleadas de 7-1 y 7-2.A pesar de superar en la tabla final al Expreso Palmira y al Deportivo Rionegro, el Deportivo Pereira ganó el campeonato con 15 puntos, cinco más que el Unión, que debió quedarse un año más en la "B".Como dato curioso, se destaca la goleada que le propinó el Unión Magdalena al Deportivo Cali 6-0 en condición de local.Esa temporada un jugador del club fue el goleador, se trata de Luis Zuleta que marcó 13 goles.El Torneo Finalización fue una de las mejores campañas del Unión en mucho tiempo al clasificar tercero a los cuadrangulares con 28 puntos.[81] En el Torneo Apertura el Unión llegó solo hasta los cuadrangulares semifinales, quedando último del Grupo B.[98] Llegó al último partido con la oportunidad de lograr el ascenso ante Cortuluá, pero no pudo pasar del empate (0-0) lo cual el equipo 'Corazón del Valle' logró ascender a la Liga Águila y el equipo 'bananero' tuvo que quedarse un año más jugando en la Primera B.[100] Para la temporada 2016 tuvo que cambiar de sede a Riohacha, justamente al Estadio Federico Serrano Soto.Para el Torneo Finalización tampoco pudo lograr una campaña sobresaliente, lo cual llevó al despido del estratega Nilton Bernal; su reemplazo fue Harold Rivera, aunque pese a la mejoría, no alcanzó para entrar a los play-off, terminando la fase regular en el puesto 10.º.Pereira en la primera fecha por 3-1 visitó al Deportes Quindío en Armenia, consiguiendo un empate valioso por 1-1 que lo ubicaba en la primera posición de su grupo, luego ganó sus juegos ante Valledupar tanto de local como visitante por 2-0, en la penúltima fecha podía asegurar el primer puesto de su grupo y el paso a la final, para eso debía ganarle al equipo quindiano en el Sierra Nevada, algo que finalmente sucedió tras vencerlo por 2-1.[107][108] En la gran final se enfrentó al Cúcuta Deportivo,[109][110][111] con el que ya habían asegurado el ascenso; el primer partido se jugó en el Estadio Sierra Nevada de Santa Marta, perdiendo el primer partido 1-0 con gol de Jeysen Núñez.[129][130][131] Los hechos se convirtieron en un escándalo nacional solo comparable con la polémica en los Cuadrangulares Semifinales de la Primera B 2004 entre Valledupar y Real Cartagena.El pixelado está inspirado en las bancas del estadio Sierra Nevada al que volvió este año.[142] Para el uniforme secundario, el que más sufre variaciones temporada a temporada, es una camiseta celeste con un decorado en forma de cuadros o pixeles en la parte inferior de un tono más oscuro, acompañado por pantalones azules y medias negras.
