Dirigidos por Manuel Arias, la Unión Deportiva logra dominar la primera fase del campeonato nacional al conseguir una ventaja de ocho puntos al Deportivo Italia, su más cercano perseguidor.
El éxito en la liga le permite clasificarse a la Copa Libertadores 1969, sin embargo en dicho torneo no pudo pasar la fase de grupos.
La temporada siguiente, 1969, el club no puede retener su título de liga, terminando en cuarta posición liderada por el Deportivo Galicia.
Regresó con su nombre original en 1977, cuando el campeonato se había expandido a 12 equipos.
La vuelta es difícil, con un final pasado del lugar y dos victorias en veintidós juegos.