Inicialmente tuvo tres diócesis sufragáneas, Worms, Estrasburgo y Espira, respetando la antigua subdivisión administrativa romana.Tal como fueron creadas, las diócesis de Augsburgo, Constanza, Coira, Eichstätt, Halberstadt, Wurzburgo, Hildesheim, Paderborn y Verden.Esta estructura organizativa eclesiástica, ya atestiguada en el siglo XI, se mantuvo invariable, a pesar de todos los cambios políticos en la región, hasta la Revolución francesa.Como decano de los electores también presidió el "Consejo Áulico del Imperio" (Reichshofrat) y hasta 1343 coronó personalmente al emperador recién elegido.En el siglo XVI, con la afirmación de la Reforma protestante, la arquidiócesis perdió muchas parroquias, especialmente en el norte y en el Palatinado, que pasaron a la nueva denominación religiosa.La Revolución francesa, con sus secuelas, puso fin al principado eclesiástico y modificó sustancialmente el territorio de la arquidiócesis.En 1792 las tropas francesas ocuparon los territorios de la arquidiócesis hasta el río Rin, mientras que el arzobispo Friedrich Karl Josef von Erthal huyó junto con el cabildo de la catedral a Aschaffenburg, en la margen derecha del río.Con el tratado de Campoformio (1797) la arquidiócesis se encontró dividida entre dos estados, Francia, que ocupó los territorios situados en la margen izquierda del Rin, y el Imperio, que ocupó los territorios de la margen derecha.
Vista suroeste de la catedral de Maguncia
Basílica de los Santos Marcelino y Pedro, en Seligenstadt
