La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Amberes, Brujas, Gante, Hasselt, Lieja, Namur y Tournai.

En el siglo XVI, para contrarrestar mejor la Reforma protestante, así como para resolver problemas políticos y lingüísticos de larga data, los Países Bajos y los Países Bajos del Sur sufrieron una modificación sustancial de la geografía eclesiástica, que se había mantenido sin cambios desde la época carolingia.

Originalmente tuvo como sufragáneas a las diócesis de Amberes, Brujas, Gante, Ypres, Bolduque y Roermond, todas erigidas en la misma fecha.

El día anterior, con la bula Romanus Pontifex,[3]​ el papa asignó la abadía benedictina de Affligem como dotación para el mantenimiento del arzobispo.

En 1596 la arquidiócesis se dividió en once decanatos (doyennés): Malinas, Bruselas, Lovaina, Leeuw-Saint-Pierre, Leeuw-Saint-Léonard, Diest, Tirlemont, Alost, Grammont, Renaix y Oosterzele.

[4]​ El primer metropolitano fue el cardenal Antoine Perrenot de Granvelle, quien se vio obligado a exiliarse en 1564 por sus estrechos vínculos con el rey español Felipe II.

El ocupante francés confiscó el palacio arzobispal que fue vendido; y el cardenal Joannes-Henricus von Franckenberg murió en el exilio en Breda en 1804.