[5] El cuerpo de mineral fue depositado en el periodo Carbonífero (300-350 Ma) por actividades hidrotermales sobre el fondo del mar.
La minería continuó durante la era fenicia y la romana hasta los musulmanes en la segunda parte del siglo XIII.
Sus principales afluentes son los ríos Nicoba, Jarrama, Domingo Rubio, Corumbel, Casa Valverde y Candón.
Sus aguas rojas se caracterizan por su pH entre 1,7 y 2,7 (muy ácido), con alto contenido en metales pesados: hierro mayoritariamente, cobre, cadmio y manganeso, pero con oxígeno, ya que los organismos que existen en el río son fotosintéticos en su mayoría.
Estos microorganismos, adaptados a hábitats extremos, son acidófilos y se alimentan sólo de minerales; son tanto procariotas como eucariotas, incluyéndose entre los segundos algunas especies de hongos y algas endémicas del río.
[11] Por ello, la NASA lo escogió como hábitat a estudiar por su posible similitud con el ambiente del planeta Marte.