Según la tradición cristiana, Marcos el Evangelista habría sido enviado a esta ciudad por los apóstoles Pedro y Pablo cerca del año 43, durante la época del emperador romano Claudio.
En 62 Marcos habría nombrado al obispo Aniano, dejando la ciudad para viajar a Roma a reunirse con Pedro y más tarde habría predicado en el noreste de Italia, en Aquileia y Rávena.
Parece que regresó a Alejandría, alrededor del año 64, pero después de esta fecha no hay información más confiable sobre él.
En tiempos de las persecuciones romanas, una motivación extra para la conversión era la oposición al dominio romano establecido recientemente en el siglo I a. C., que había sometido a la población egipcia a una escasa minoría dirigente de origen grecorromano.
En 358 incluso el obispo de Roma Liberio se vio obligado a condenar al metropolitano egipcio, pero en 362 fue restablecida la ortodoxia.
En su lugar fue designado el patriarca anticalcedoniado Timoteo, lo que condujo a un conflicto con las autoridades de Constantinopla y dio lugar a la división de la Iglesia alejandrina en dos Iglesias paralelas: no calcedoniana y calcedoniana.
Con la ocupación persa de Egipto en 619, la Iglesia ortodoxa griega fue la más afectada, ya que se la consideraba una seguidora y amiga del emperador bizantino.
Bajo el califa al-Mutawakkil (847-861), los cristianos tuvieron que soportar una severa persecución.
En el siglo XIV estos territorios fueron devueltos a Jerusalén, con excepción de la Iglesia del Sinaí.
El sultán Selim I otorgó al patriarca Joaquín un firman que reconoció sus privilegios patriarcales y le dio protección.
El período de paz que siguió a la conquista otomana permitió a la Iglesia ortodoxa griega recuperar su autonomía, reorganizar las diócesis e iglesias y aumentar la vida religiosa.
Cuando comenzó la revolución griega de 1821 y los pogromos anticristianos estaban ocurriendo en todo el Imperio otomano, Egipto era la única región en donde las autoridades pudieron evitarlos.
A principios del siglo XX la comunidad ortodoxa contaba con unas 100 000 (63 000 griegos y el resto árabes).
En 1925 el archimandrita griego Nicodemo (Sarikas), que vivía en Moshi, Tanzania, bautizó a los primeros africanos ortodoxos no egipcios.
Casi al mismo tiempo comenzó la misión en Uganda y luego en Kenia.
Entre 1952-1960 se produjo en Kenia la Rebelión del Mau Mau en la que los ortodoxos locales se vieron envueltos, por lo que las autoridades británicas cerraron todas sus iglesias y encarcelaron al clero, permaneciendo solo abierta la iglesia de Nairobi por ser de emigrantes griegos principalmente.
En 1982 fue inaugurado el seminario patriarcal del arzobispo Macario III en Nairobi en donde estudian los futuros sacerdotes ortodoxos de muchos países africanos.
[14] En teoría tiene jurisdicción sobre la Iglesia Ortodoxa en todos los países pertenecientes al continente africano.
Todos sus titulares integran el Santo Sínodo del patriarcado, cuya sede está en Alejandría.
A principios del siglo XX existían 2 metropolitanatos (uno en Trípoli y otro en Ptolemaida).
En noviembre de 1931 el patriarcado estaba compuesto por los 9 metropolitanatos siguientes: Trípoli, Leontópolis (Zaqaziq), Pelusio (Puerto Saíd), Hermópolis (Tanta), Ptolemaida (Menia), Axum (Adís Abeba), Johannesburgo, Nubia (Jartum), Cartago (Túnez).
[16] Existen 3 monasterios patriarcales en Egipto:[17] Los obispos auxiliares del patriarcado son metropolitanos titulares y a 2019 existen: Otras sedes titulares del patriarcado son otorgadas a obispos eméritos o auxiliares, entre las más recientes están: Kaisaria, Elefsina, Tebas, Andinois, Diospolis, Arsinoe, Rirouta, Mareotis, Diavleia, Naucratis, Berenice, Canopus, Karvasos, Tamiathus.