Paralización de Puno

El gobierno Peruano militarizó la región,[2]​ y creó organizaciones gubernamentales de inteligencia,[3]​ para su pacificación.Ante ello, un pelotón de 200 efectivos policiales al mando del comandante Enrique Arenas arribó a la ciudad y retomó el control interno.[23]​ En 2014, la representante de la Defensoría del Pueblo en Puno, Luz Herquinio Alarcón, aseveró que Ilave no presenta actualmente una fuerte conflictividad, pero mantiene problemas aún por resolver y la población evidencia su malestar.[41]​ El 16 de diciembre, la región se encontraba bloqueada en múltiples vías,[42]​ casi todos estos puntos fueron desbloqueados por la policía y el ejército nacional en los siguientes días.[43]​ El 21 de diciembre aún persistían las movilizaciones, pero varios dirigentes optaron por suspender las protestas hasta inicios del próximo año.[69]​ Desde tempranas horas del día, se produjeron enfrentamientos entre manifestantes y la policía nacional que alcanzó su clímax cuando los civiles intentaron tomar el Aeropuerto Internacional Inca Manco Cápac protegida por el mayor PNP Joel Arturo Tapia Guillén, fue en esos momentos en que la policía respondió con todo su arsenal.La policía se retiró de estos lugares, al igual que los manifestantes aymaras quienes volvieron a sus tierras.[74]​ Sin embargo, unas 40 personas (32 hombres y 8 mujeres) fueron capturados por la PNP cuando estos intentaban escapar con productos robados de Plaza Vea.[82]​ El premier Alberto Otárola anuncio el toque de queda por tres días consecutivos en Puno y declaró duelo nacional para el día siguiente, en homenaje a los muertos en Juliaca.[86]​ El 14 de enero, el ministro del interior, Víctor Rojas, fue reemplazado por el general en retiro, Vicente Romero.Sin embargo, en la tarde, la jornada empezó a ser violenta, cuando una facción de 300 protestantes, incendiaron la sedes del Poder Judicial y el Ministerio Público,[95]​ que se ubicaban cerca a la comisaría de la ciudad, en ese momento, iniciaron los enfrentamientos con la PNP, que dieron como saldo 2 civiles muertos.[120]​ En total, los puestos policiales de Juli, Platería, Huancané, Crucero y Pilcuyo cerraron.[130]​[131]​ Decenas de manifestantes llegaron a los exteriores del cuartel y protestaron por los detenidos, el comandante Usto, nuevamente apaciguó la situación.[166]​ Al día siguiente, una tropa militar fue expulsada de Desaguadero por aproximadamente 300 comuneros locales, algunos uniformados fueron agredidos,[167]​ e incluso un policía fue retenido, el cual tuvo que ser rescatado por 30 agentes.El 20 de febrero, se registró que la región Puno, era la única en contar con bloqueos a nivel nacional, siendo un total de 35 puntos con tránsito interrumpido, también se reportó que la presencia del gobierno regional era nula.[183]​ Además, según el teniente coronel EP, Carlos Enrique Freyre, integrante del Comando Unificado, los mayores problemas en Puno son; la desinformación, el discurso antiestado, y la animadversión.[194]​ Los dirigentes también anunciaron que las coordinaciones para viajar a Lima se están haciendo en las 13 provincias de Puno.[195]​ Al menos 5 camiones con manifestantes, en su mayoría aymaras viajaron a la capital, estos denuncian que fueron interceptados por la policía 12 veces.[198]​ En el centro de la ciudad, se venía realizando una marcha pacífica, sin embargo, al llegar a la comisaría empezaron a atacarla y finalmente la incendiaron, 43 efectivos policiales tuvieron que resguardarse en la Villa Militar.Poco después, los manifestantes mencionan que fueron agredidos por personal PNP, continuando la marcha hacia los exteriores de la comisaría local, siendo dispersados por bombas lacrimógenas.[207]​[208]​[209]​[210]​ Sin embargo, la defensoría del pueblo, informó de 10 civiles y 6 militares heridos.[223]​ Tanto en Ilave como en Juli, los ciudadanos pidieron a las fuerzas del orden abandonar sus respectivas comunidades, anunciando que no habrá ningún diálogo con la presidenta.[224]​ Al día siguiente, 15 militares mencionaron ante su superior, que intentaron huir de los manifestantes, cruzando el río, pero fueron apedreados y la corriente les ganó.[228]​ Según el periodista Liubomir Fernández de La República, que estuvo presente en el lugar de los hechos, la tropa militar al mando del capitán EP Josué Frisancho Lazo,[229]​ estaban regresando al cuartel de Ilave, e intentaron cortar camino por el río del mismo nombre, sin la presencia ni ataques por parte de los manifestantes, un primer grupo logró pasar el río, sin embargo, el segundo grupo que ingresó con todo su equipamiento militar, terminaron por dispersarse en las aguas.[230]​ Poco después, se viralizó en redes sociales, un audio cuyo autor es supuestamente un soldado sobreviviente, donde menciona «los oficiales no quieren hacerse cargo (…) les va a afectar en el ascenso, todo».[234]​ Durante la madrugada del 7 marzo, ocurrió un enfrentamiento en Desaguadero que dio como saldo, una mujer herida de bala.[242]​[243]​ Así mismo, tanto los quechuas como los aymaras negaron que los soldados fallecidos el 5 de marzo hayan sido atacados por ellos.[249]​ El 17 de marzo, maestros del SUTEP PUNO y el FENATE anunciaron que reiniciaran las clases escolares el día 20 de marzo, pero que se plegaran nuevamente a las protestas a partir del día siguiente.[274]​ El 2 de junio, el comandante general de la Tercera División del Ejército del Perú, Jhony León Rabanal, declaró que las fuerzas armadas actuaron en el ámbito legal y que volverían a actuar si fuese necesario.[281]​[282]​ El analista político Edgar Mancha manifestó que tales acciones son una «guerra sucia» por sectores de derecha.