La UNAP está organizada en 20 facultades que abarcan 37 escuelas profesionales.La Ley contiene 4 artículos: el más importante señala que, "Se erige en la ciudad de Puno una Universidad, para la enseñanza de la Teología, Jurisprudencia, Medicina, Filosofía y Letras, Matemáticas y Ciencias Naturales y para que en estas mismas Facultades se confieran Grados Académicos".Como sucede con toda institución que nace, no se contaba con Estatuto propio, local necesario y la respectiva asignación presupuestal.Las razones por las cuales la universidad dejó de funcionar se relacionan con problemas sociopolíticos y económicos.Cortes, Bernabé Urbina, Manuel Pino, G. Barionuevo, Ignacio Vásquez, Bartolomé Aguirre, Juan N. Arce, Juan M. Gamboa, Jorge Ramos, Manuel E. Giménez, Melchor Patiño, Ramón Torres, Mariano Solano, José M. Pacheco, Guillermo Pino, José A.José A. Ponze, para Secretario el Dr. Guillermo Pino, y electos, para fiscal el Dr. Abel M. Zepes, para Tesorero el Dr. Manuel Pérez.[2] La UNAP cuenta con diversas escuelas profesionales acreditadas por el Sistema Nacional de Evaluación, Acreditación y Certificación de la Calidad Educativa (SINEACE), estas son: Educación secundaria, especialidad de Lengua, literatura, psicología y filosofía (2015),[14][15] Educación Inicial (2015),[16][14][15] Ingeniería Económica (2015),[15] Ciencias Contables (2016),[17][18] Antropología (2016),[18] Educación Secundaria, especialidad Ciencias Sociales (2016).Los movimientos o grupos políticos más destacados son: En los últimos años se ha generalizado el uso de rankings universitarios internacionales para evaluar el desempeño de las universidades a nivel nacional y mundial; siendo estos rankings clasificaciones académicas que ubican a las instituciones de acuerdo a una metodología científica de tipo bibliométrica que incluye criterios objetivos medibles y reproducibles, tomando en cuenta por ejemplo: la reputación académica, la reputación de empleabilidad para los egresantes, la citas de investigación a sus repositorios y su impacto en la web.
