El Comité Directivo, integrado por escuelas que tienen equipos en la Liga Mayor, decide sobre reglamentación, arbitraje, sanciones, calendarios y sistemas generales de competencia.
En los 90's, además de la Liga Mayor se crearon otras dos categorías: Juvenil e Intermedia.
Por su parte, la ONEFA restructuró las conferencias en tres: "Centro", "Norte" y "Sur"; cada una con su respectivo campeón.
Inconformes, volvieron a solicitar su salida y aceptaron conformar una nueva liga mayor con la Comisión Nacional Deportiva Estudiantil de Instituciones Privadas, A.C.
Se jugarán cuartos, semifinales y la final, siempre en la casa del mejor preclasificado de cada llave.
Contrario a 2023, este año no hay grupos, sino una tabla general para los 14 equipos de la Liga Mayor.
Esto daría a la ONEFA, ser la primera organización en tener categoría Infantil, Juvenil, Intermedia y Mayor, completando un proceso del jugador estudiante.
En 1969 se creó la Liga Nacional Colegial y a partir de 1978 se creó la actual Organización Nacional Estudiantil de Fútbol Americano que estableció la Liga Mayor como la categoría máxima del fútbol americano en México.
Y en 2001 se intentará crear la Conferencia del Pacífico Norte que igualmente sólo jugará una temporada.
Tras desavenencias entre los equipos de la Conferencia de los 12 Grandes, divididos visiblemente entre instituciones públicas y privadas, se escinde en dos en 2008, quedando en ésta solo 6 equipos y los demás conformaron la Conferencia del Centro.
En 2009, tras la salida de los equipos del Tec de Monterrey, que jugarán su propio Torneo Borregos 2009, se reestructura nuevamente la Liga Mayor estableciéndose tres conferencias, la Centro, Norte y Sur; que contó con 21 equipos.
La Organización Nacional Estudiantil de Fútbol Americano (ONEFA) heredó la tradición del fútbol americano colegial mexicano que se practica desde 1930 y hasta 2008 existió un campeonato nacional que con el paso del tiempo tuvo diferentes denominaciones.
Las instituciones educativas que han obtenido campeonatos en la categoría de Liga Mayor, con uno o varios equipos, por conferencias se enlistan a continuación.
Aquí se muestran los récords más sobresalientes desde que la Liga Mayor es administrada por la ONEFA, es decir en su etapa moderna de 1978 a la fecha.
• Borregos Salvajes ITESM CEM • Borregos Salvajes ITESM Monterrey • Borregos Salvajes ITESM Toluca • Burros Blancos IPN • Centinelas CGP• Cóndores UNAM • Correcaminos UAT • Frailes UT • Halcones UV • Jaguares UR • Linces UVM Guadalajara • Linces UVM Lomas Verdes • Linces UVM San Luis Potosí • Linces UVM Torreón • Leones UA • Leones UMM • Lobos UAdeC • Pieles Rojas IPN • Osos Blancos IPN-CECyT 10 • Potros Salvajes UAEM • Pumas Acatlán UNAM • Pumas CU UNAM • Toros Salvajes UACH • Zorros ITQ // Personajes Destacados: Lambert Dehner • Diego García Miravete • Cayetano Garza • Frank González • Dixie Howell • Jacinto Licea • Roberto "Tapatío" Méndez • Manuel Neri • Manuel Padilla • Manuel Rodero // Tazones: Tazón Azteca • Clásico Poli-Universidad // Estadios: Estadio Tecnológico • Estadio Olímpico Universitario • Estadio Olímpico de la UACH