A partir del 2008, la Liga Mayor de la ONEFA tomó las siguientes correcciones a las reglas en correspondencia a lo efectuado por la NCAA para esta misma temporada, las cuales se resumen en lo anterior: Para esta temporada se creó una tercera conferencia: la CONCEN, o Conferencia del Centro.
La antigua Conferencia de los 12 Grandes, estuvo integrada únicamente por seis equipos, sin cambiar su nombre.
Algunas universidades públicas, principalmente la UNAM y el IPN, expresaron su inconformidad antes del inicio de la temporada, debido a la falta de paridad de fuerzas que existía entre las universidades públicas y las universidades privadas dentro de la Liga Mayor, disminuyendo la competitividad de la Liga Mayor (desde 1993 los campeonatos fueron ganados únicamente por 3 universidades privadas, ITESM C. Monterrey, ITESM C. Edo.
Esto implicó que el calendario original no se respetara y algunos equipos tuvieron que buscar otros estadios para jugar en plena temporada, ya que por los disturbios la UNAM decidió suspender la renta de sus instalaciones.
En la Conferencia Nacional, durante los playoffs, los Leones de la UMM y los Lobos UAdeC en protesta por no ser locales cuando los números los favorecían, decidieron no participar en semifinales, alengando parcialidad de la liga en favor de Potros Salvajes de la UAEM, quienes jugarían en casa la semifinal cuando estaban clasificados en el cuarto lugar.