En 1995, los Aztecas obtuvieron por primera vez el Campeonato Nacional derrotando en Cholula a los Cóndores UNAM, con marcador de 43-13.

En esta generación, llegaron jugadores que serían pieza importante en el futuro de los Aztecas, como el QB Enrique Villanueva.

Pero en el último cuarto, un fumble provocado por el frontal Gerardo Chávez, fue recuperado por Félix Alejandro Suárez Garza, quien llegó hasta las diagonales de los Borregos Salvajes para anotar, cerrando el marcador en 3-6.

Ante un estadio lleno con más de 15 mil aficionados, los Aztecas se levantaron con el tricampeonato al derrotar nuevamente a los Borregos Salvajes Mty por 21-11.

La final fue en Monterrey, donde los Borregos Salvajes derrotaron a los Aztecas y les quitaron la oportunidad de obtener un tetracampeonato, al caer 17-20.

En 1999 los Aztecas tuvieron un duelo especial contra los Borregos Salvajes del ITESM Monterrey.

Sin embargo, ya en la final los Aztecas no pudieron recuperar el campeonato, a pesar de jugar en casa.

El año 2001, fue un año en el que por primera vez desde su ascenso a la liga mayor, los Aztecas no calificaron a la postemporada, quedando como quinto lugar general de la clasificación, también fue la primera ocasión en que se perdieron tres juegos en casa.

Irak Lira fue el mejor receptor de la liga al conseguir 1016 yardas, 14 touchdowns en 56 recepciones.

En la temporada 2005 los Aztecas alcanzaron 7 juegos ganados y 2 perdidos, marca que desde 2001 no se conseguía.

Fue un excelente año para los Aztecas, quienes regresaron a jugar la gran final en casa en un abarrotado “Templo del Dolor”, cuyas localidades se agotaron dos días después de sacar los boletos a la venta.

En ese mismo año la ONEFA divide a sus equipos en 3 conferencias, la del Norte, Centro y Sur; siendo la conferencia del centro la que agrupaba a los equipos más fuertes de la ONEFA entre los que destacaban la UDLA Puebla, UNAM CU, Auténticos Tigres y Águilas Blancas IPN.

[3]​ Para 2014, volvieron a alzarse campeones derrotando 17–14 al representativo del ITESM Toluca[4]​ siendo así, bicampeones de la Conferencia Premiere.