Su base fundacional fue la colección privada de Julio II, que fue elegido papa en el año 1503; más tarde otros papas han ido aumentando las extensas colecciones de que constan estos museos.Sixto IV, en 1471, hizo construir una nueva capilla, la Sixtina, con la decoración pictórica de diversos artistas, entre ellos Sandro Botticelli y Pietro Perugino.En esta reorganización se puede también incluir la creación del Museo Histórico, que posteriormente sería dividido en 1985, teniendo su sede en el Palacio de Letrán.[10] El papa Sixto V, en 1587, encargó al arquitecto Domenico Fontana la construcción de un nuevo edificio.A cargo de los arquitectos: Alessandro Dori (fallecido en 1772), Michelangelo Simonetti y más tarde por Camporesi.Tras la muerte de Clemente XIV, el museo y su colección fueron ampliados por el papa Pío VI (1775-1799).[16] Fue en el año 1797 cuando las obras maestras del museo fueron llevadas a París según el Tratado de Tolentino.No recibiría en el futuro grandes cambios que afectasen significativamente al número de obras.Este museo muestra esculturas romanas y griegas en las doce salas que dispone, así como en el Patio Octógono.Toma el nombre de su fundador Barnaba Chiaramonti, el papa Pío VII (1800-1823), que le encargó al escultor Antonio Canova la organización y la reforma del mismo.Se encuentra dividido en tres galerías:[18] En 1837, fue fundado el museo etrusco, por el papa Gregorio XVI (1831-1846).Posteriormente, se incorporaron al museo obras de gran importancia: El museo contiene material del siglo IX a. C. hasta el siglo I, y abarca desde la edad de hierro hasta material encontrado en las ciudades etruscas.El museo ocupa nueve salas divididas por un semicírculo abierto hacia una terraza que cuenta con numerosas esculturas.En dos de estas salas se encuentran objetos encontrados en la antigua Mesopotamia y en el Levante mediterráneo.Durante unos años permaneció cerrado al público por obras de reforma y conservación.Pío X (1903-1914) hizo acondicionar los establos de Belvedere, que también resultaron poco adecuados por las condiciones térmicas desfavorables; esto y el aumento constante del número de obras para exponer hizo que el papa Pío XI ( 1922-1939), encargase la construcción de un nuevo edificio al arquitecto milanés Luca Beltrami el año 1932.Las pinturas están expuestas en dieciocho salas, ordenadas cronológicamente del siglo XII hasta finales del siglo XIX, con una representación de las mejores escuelas italianas: la sienesa (Perugino), la florentina (Giotto di Bondone, Leonardo da Vinci), la veneciana (Giovanni Bellini, Tiziano) y la boloñesa (Guido Reni).[25] Entre los artistas expuestos hay, entre otros, Auguste Rodin, Vincent van Gogh, Paul Gaugin, Maurice Denis, Odilon Redon, Vasili Kandinski, Marc Chagall, Paul Klee, Ernst Barlach, Max Beckmann, Otto Dix, Maurice Utrillo, Giorgio de Chirico, Giorgio Morandi, Georges Rouault, Oskar Kokoschka, Bernard Buffet, Renato Guttuso, Giacomo Balla, Francis Bacon, Giacomo Manzù, Pablo Serrano, Eduardo Chillida, Salvador Dalí y Pablo Picasso.El pintor hace una narración de gran naturalismo, que enmarca la obra plenamente en el renacimiento.[28] Apenas llegó a Roma, Rafael fue presentado por Donato d'Angelo Bramante al papa Julio II.Se trata de cuatro estancias que escogió el papa como residencia privada; encargó la decoración pictórica al joven Rafael, que fue ayudado por sus discípulos entre ellos Giulio Romano, Giovanni da Udine y Perin del Vaga.Cuando murió Julio II en 1513, el siguiente papa León X (1513-1521), siguió con el encargo para que Rafael continuara las dos salas que le faltaban; después de la muerte del pintor en 1520, acabaron los frescos de la última sala sus ayudantes.El muro sobre el altar mayor, con una superficie de 13,7 × 12,2 m, está ocupado por el Juicio Final, encargado por el papa Pablo III en 1535.Debe su nombre a los cuarenta mapas pintados al fresco sobre los muros, representando las regiones italianas y las posesiones de la iglesia en la época del papa Gregorio XIII (1572-1585).A destacar los frescos de Ignazio y Antonio Danti (1580-1583) que muestran las bellas posesiones del papa en Venecia.Promovida por el papa Pablo VI el año 1973, conserva numerosos carruajes usados por diferentes papas, entre ellos el construido para León XII,[47] junto con sillas de mano, carrozas de gala, automóviles y papamóviles.Lo mismo ocurre el último domingo de cada mes, cuando los Museos Vaticanos abren gratis al público.
Las escaleras de Giuseppe Momo, dan salida a los Museos Vaticanos.
Vista del patio de la Piña, de los Museos Vaticanos