[3] A pesar de que se ha intentado minimizar su papel, los nuevos descubrimientos documentales sacan a la luz un arquitecto con grandes capacidades creativas y una fuerte personalidad.
El edificio se construyó en el lugar que ocuparon las casas de los marqueses de Pozas, a quienes el rey se las compró, debido a su cercanía al Real Alcázar, ya que así los reyes podían entrar directamente a la iglesia mediante un pasadizo existente.
[4] Este pasadizo fue construido por deseo de la reina para no causar molestias, ya que visitaba frecuentemente el monasterio.
El rey en persona colocó la primera piedra del edificio, acto que se hizo con gran solemnidad y bajo la bendición del cardenal arzobispo de Toledo Bernardo de Sandoval y Rojas.
La fiesta continuó hasta el día 6, en que se celebraron las exequias de la reina Margarita.
La reina había hecho donación de un regalo insólito, cuyo significado aún no aciertan a descubrir los historiadores: la cama donde había nacido su hijo, el futuro rey Felipe IV.
Pero el dinero obtenido debían emplearlo en mandar hacer una arqueta para guardar el Santísimo Sacramento el día de Jueves Santo.
Durante los siglos XVIII y XIX continúa la historia del monasterio, llena de anécdotas.
Cuando José Bonaparte residió en Madrid en calidad de rey, apareció un día en la verja del monasterio un gato ahorcado con un escrito: «Si no lías pronto el hato, / te verás como este gato».
En el siglo XIX el religioso y compositor madrileño Lorenzo Román Nielfa fue profesor de música en el convento, dejando a su muerte como legado para la Encarnación su biblioteca musical, que contiene obras de maestros de los siglos XVI y XVII.
La documentación notarial recopilada por Agustín Bustamante en su artículo de 1975 deja bien clara la autoría del proyecto.
No obstante, todavía pervive la estructura original de fray alberto, que se manifiesta en el marcado arco toral, los tres tamos de nave con altares poco profundos y un palco real.