Saqueado por las tropas francesas, las religiosas no retornaron a él hasta 1816.

Años después –diciembre de 1934– fue nombrado rector-administrador del Patronato, con honorarios y derecho a ocupar la vivienda destinada para ese fin.

El monasterio está englobado en los bienes propiedad de Patrimonio Nacional.

Las monjas, según se cuenta, hicieron más tarde repintar la cabeza de la Virgen a Claudio Coello, por entender que era un retrato de la hija de Ribera, con la que se decía que el Virrey había mantenido relaciones ilícitas.

Todo ello ardió en 1936, junto con los frescos del siglo XVIII de Zacarías González Velázquez, incendiado por exaltados afines a la II República Española.

En la actualidad se han vuelto a colocar en el primer tramo de la iglesia, bajo el coro, dos cuadros del pintor madrileño Antonio Arias en los que están representados San Pablo Ermitaño con San Antonio Abad y San Agustín con su madre Santa Mónica, retornando así al mismo lugar en que los viera Ponz, quien erróneamente los había atribuido a Gaspar Becerra el primero y a Alonso Cano el segundo, únicas piezas subsistentes de la primitiva decoración.

El actual retablo mayor, en madera tallada y policromada del siglo XVII, procede de la Catedral de Pamplona, instalado en este lugar tras la última restauración.