Pese a todo, el propio concejo de la villa terminó dando el visto bueno al proyecto.
Durante la Guerra Peninsular fue saqueado varias veces por los invasores franceses, llegando a ser dirigidos algunos de los ataques por destacados generales como Soult o Foy.
No obstante, el hecho más catastrófico se produjo en 1823, cuando las tropas liberales de Juan Martín Díez quemaron el edificio por haber dado asilo en sagrado a absolutistas.
El monasterio quedó irrecuperable y su mal estado facilitó que fuera desamortizado en 1836, dedicándose durante la primera guerra carlista a albergar un cuartel de caballería.
Las cofradías se trasladaron a la iglesia de San Mateo, que era la parroquia matriz del monasterio, y las huertas fueron malvendidas.
El edificio se quedó rápidamente pequeño y en 1841 fue trasladado el nuevo hospital, junto con su inclusa, al monasterio de San Francisco, que con el tiempo también compartiría espacios en el mismo siglo con un orfanato y un hospicio de niños.
En estas reformas, las necesidades higiénicas obligaron a destruir una gran colección de frescos que hasta entonces mostraban elementos religiosos en todos los claustros y en el vestíbulo.
Sin embargo, en una inspección médica realizada en 1854 se comprobó que no reunía las mejores condiciones sanitarias, pues era excesivamente húmedo por hallarse en el valle del arroyo del Marco y las habitaciones estaban muy mal iluminadas para los enfermos que necesitasen luz solar.
En la Guerra Civil volvió a utilizarse un siglo después como cuartel, en este caso para regulares marroquíes y expedicionarios italianos; esto ocurrió durante los tres años que duró la guerra y compartiendo espacio con el hospicio.
[22] Aunque este colegio solo seguiría en el monasterio por poco tiempo, en una parcela colindante se inauguró en 1973 un nuevo centro educativo con el mismo nombre, que sigue actualmente abierto junto al centro cultural como colegio público de la Junta de Extremadura pero que en 2018 cambió su denominación a “Ribera del Marco”.
Para ello, en las tres últimas décadas del siglo XX se llevaron a cabo importantes obras de restauración en el edificio.
[28] Dentro del edificio, han sido constantes las obras de mejora, tanto para optimizar su uso como complejo cultural como para mantener en buen estado el patrimonio histórico.
Se desconoce con exactitud hasta dónde llegaban originalmente los límites del monasterio, puesto que sus huertas fueron enajenadas en el siglo XIX.
Fuera de los claustros, el principal elemento histórico-artístico del edificio es su vestíbulo, estructurado en cuatro bóvedas con adornos barrocos.
La obra más completa tuvo lugar en 2016, cuando se llevó a cabo una rehabilitación completa de la arquería que le dio un aspecto totalmente renovado; estas obras duraron tres meses y en ellas fue necesario retirar varios nidos de cigüeñas al proceder de estas aves buena parte del daño que había en la estructura.
[16] El edificio, construido casi totalmente con cantería, es tardogótico, aunque desde el exterior aparenta ser más moderno al poseer una fachada herreriana con espadañas que, por su ubicación en el atrio, es uno de los elementos más conocidos del monasterio; esta fachada data de 1723, cuando hubo que hacer obras en la entrada de la iglesia porque esa parte del edificio estaba cediendo.
[46] Uno de los elementos más peculiares del monasterio son las capillas y sepulcros que alberga, principalmente en torno a la iglesia.
Un noble llegó a morir en duelo en el interior de la iglesia disputándose terrenos para sus sepulcros, siendo su rival excomulgado.
Los usos que se han dado a estas capillas tras la exclaustración han sido múltiples, incluyendo depósito de cadáveres del hospital, almacén, carbonería, biblioteca, oficina del colegio y sala cultural, entre otros.
Cualquier persona o entidad puede llevar a cabo actos culturales en la iglesia-auditorio, en los claustros y en diversas salas del complejo; en algunos casos basta con una mera autorización administrativa y en otros es necesario abonar cuantiosas tasas establecidas en una ordenanza fiscal provincial.