En el año 2000, abandonó sus cargos y su vida en la primera línea política para volver a su trabajo como profesor universitario de Historia.
Separado de la política activa por una afección cardíaca, Julio Anguita continuó participando en diferentes actos y alternativas para lograr los objetivos ideológicos de izquierdas, entre los que se encuentra un Estado republicano.
[8] A raíz del llamado caso Provienco —la compra municipal de un inmueble que Anguita autorizó sin conocimiento ni aprobación de la corporación municipal— llevó a la ruptura definitiva con el PSOE.
En las elecciones municipales de 1983 fue reelegido como alcalde, pero esta vez por mayoría absoluta (17 concejales).
[7] Tras este aplastante triunfo se le empezó a conocer como el «Califa Rojo».
Esta nueva política llevó a que el desarrollo de la ciudad se viera notablemente paralizado.
[7] En 1985 envió una carta al entonces presidente del Gobierno, Felipe González, en la que se oponía a la petición de este de impulsar la construcción desde los ayuntamientos de España, como solución al problema del paro; en ella también defendía la autonomía municipal y respetar la ley del suelo vigente en ese momento para impulsar un modelo urbanístico sostenible.
Fue en 1986 cuando el PCE, junto a otras fuerzas políticas minoritarias, pusieron las bases para la fundación de Izquierda Unida.
En septiembre de 1997, en la fiesta del PCE, Anguita anunciaba que iban a defender una España republicana y federal, y en la fiesta del año siguiente defendió el derecho de autodeterminación de los pueblos y aclaraba que su partido solo había aceptado la monarquía de forma temporal, durante la transición, para llegar al consenso, siempre y cuando se desarrollase la Constitución.
[22] Dejó la secretaría general el 5 de diciembre de 1998 durante el XV Congreso del PCE, pidiendo a los militantes comunistas que reivindicasen los principios del anticapitalismo, antisistema y la lucha por una sociedad igualitaria.
A su juicio, el debate debería abrirse en la siguiente asamblea federal de IU.
Sobre el mismo declaró: "No quiero solo gente de izquierdas en el Frente Cívico Somos Mayoría".
[30] En ese mismo año criticó los debates parlamentarios basados en "el insulto y la descalificación".
Lo malo de la memoria es que se degrade en memorieta, en aprendizaje sin comprensión.
"[34] También criticó a la Unión Europea, a la que calificó como el IV Reich alemán: "¿Cómo puede ser que la Unión Europea tenga más poder para decidir las políticas económicas, el presupuesto, los mecanismos de control presupuestario, y monetario, las políticas sociales, las políticas comerciales que los Estados?
Y, ¿cómo puede ser que, sin embargo, no podamos decidir en Europa sobre todo eso?
¿Cómo es posible que ahora quieran imponer de la noche a la mañana y sin posibilidad de debatirlo un tratado comercial con los Estados Unidos, el TTIP, que va a intensificar todavía más esas contradicciones?
Es decir, si yo existo como Francia o como España, no me diluya usted"[35].
[41] En 2007 se casó con María Agustina Martín Caño, a la que había conocido en el Instituto Blas Infante de Córdoba, donde ambos daban clase y al que Anguita se había incorporado tras dejar la política activa.
El 7 de abril, ya en Bagdad, le alcanzó un misil ocasionándole la muerte.