Se mantuvo en servicio hasta su clausura en 1994, siendo sustituida por la actual estación de Córdoba.[6] Con los años Córdoba se convirtió en un importante nudo ferroviario, por lo que MZA instaló un depósito de locomotoras en la estación.[7] Alrededor de las vías se fueron estableciendo numerosas factorías, lo que impulsó el desarrollo económico.Sin embargo, no pasó mucho tiempo en que la zona ferroviaria se convirtió en una barrera que bloqueaba el crecimiento de la ciudad e impedía la comunicación con los barrios situados al norte de las vías.Bajo gestión de RENFE se sustituyó paulatinamente la tracción vapor por máquinas diésel y eléctricas.También fueron derruidas las antiguas cocheras del Depósito de locomotoras, los talleres y las rotondas giratorias.Tras su clausura el histórico edificio de viajeros quedó en desuso durante muchos años, mientras que las vías eran soterradas y el antiguo terreno ferroviario era recuperado para otros usos.Finalmente, en 2003 el edificio fue reacondicionado para acoger la sede provincial de RTVA,[15] situación que se mantiene en la actualidad.Inicialmente se levantó un sencillo edificio de viajeros que con los años sería ampliado con anexos y una planta más.
