Era un rango muy bajo para su edad y educación; se suponía que ascendería rápidamente, pero el gobierno del Directorio se negó a conceder ascensos en una ciudad que consideraba tan poco importante.
Cuando los federales dirigidos por José Artigas chocaron con los representantes del gobierno porteño, muchos correntinos juzgaron que eran mejor defendidos de los ataques realistas y portugueses por los partidarios del caudillo que por los gobernantes nacionales.
Lo primero que hizo fue embarcar a Domínguez hacia Buenos Aires, pero sin armas, tropas ni dinero.
El movimiento había sido inspirado por Artigas a quien rápidamente se pidieron instrucciones; este respondió que debía organizar un congreso provincial.
El caudillo envió como representante suyo a Genaro Perugorría, un oficial correntino de familia adinerada, que presidió el congreso.
Perugorría le salió al cruce, pero fue derrotado a fines de diciembre en Batel.
Ejerció, sobre todo, el mando militar, mientras el poder político lo tenía el cabildo de la ciudad, y el legislativo el congreso provincial.
Los personajes ricos y educados de la ciudad recordaron siempre la época de la invasión como una serie de robos, saqueos, violaciones y asesinatos; pero lo más probable es que hayan sido bastante bien tratados, solo que habían sido humillados por seres a quienes siempre habían considerado inferiores a ellos.
Tras dos pequeñas victorias del oriental, Ramírez lo venció en La Bajada, (actual ciudad de Paraná) e invadió la provincia de Corrientes; incluso una flota porteña ayudó al entrerriano y ocupó Goya, cuyo comandante se unió al invasor.
Este aún estaba en campaña junto a Artigas, y lo acompañó en sus últimas maniobras, que terminaron en su exilio en el Paraguay.
Años más tarde volvió a ejercer como escribano público y fue síndico en la parroquia de la ciudad.
Durante su gestión como gobernador, Méndez fijó la sede del gobierno en su casa particular, ubicada en la esquina de las calles actualmente llamadas Salta y Moreno.