Se incorporó a la primera expedición auxiliadora al Alto Perú; era considerado partidario de Cornelio Saavedra y –por eso mismo– opositor al jefe político del Ejército del Norte, Juan José Castelli.
Durante la retirada que siguió a este desastre, reprimió varias sublevaciones, entre ellas una de suboficiales del mismo ejército.
Prestó algunos servicios aprovisionando a los ejércitos patriotas, sobre todo al que sitiaba Montevideo.
Ese día nació la provincia de Corrientes como entidad política autónoma; Méndez fue confirmado por el cabildo unos días más tarde.
Al llegar a la capital, fue nombrado segundo jefe del batallón de infantería comandado por el coronel Juan Bautista Bustos, con el cual marchó a incorporarse al Ejército del Norte.
Se mantuvo fiel al general Francisco Fernández de la Cruz, y regresó con él a Buenos Aires.