[2][3] Vergara libró varias batallas junto a Simón Bolívar y Francisco de Paula Santander.
[5] Muy joven se embarcó con su padre a España pero, durante la travesía este último enfermó y murió, José María llegó solo a la península, al puerto de Cádiz donde fue recibido por unos amigos de la familia.
Posteriormente, en 1813, a órdenes de Antonio Nariño, lideró el batallón Cundinamarca en las campañas del sur.
Estuvo en las batallas de Palacé, Calibio, Juanambú, Cebollas, Tacines y Pasto.
Luego, en 1817 sirvió como fiscal nombrado por Bolívar y jefe de Estado Mayor del ejército comandado por José Antonio Anzoátegui.
[23] Durante su misión diplomática estudió las institución del Jurado y envió documentos sobre este tema.
En 1820 representó a la Gran Colombia en el Congreso de Troppau donde, como diputado, dio un discurso ante reyes, mariscales y diplomáticos.
[15] Guillermo Hernández de Alba dice sobre Vergara: “Pocas veces se aunaron tan admirablemente las virtudes civiles y militares de la primera república, como en la persona del ilustre bogotano, General José María Vergara y Lozano.