Después de las derrotas en el Alto Palacé y Calibío frente a los patriotas cerca a Popayán, y la desastrosa retirada del ejército realista a Pasto, desde Quito el gobernador y teniente general Toribio Montes ordenó el relevo del brigadier Juan de Sámano como comandante del ejército realista, reemplazándolo por el Mariscal de Campo Melchor Aymerich.El teniente general Antonio Nariño decidió nombrar al coronel José María Cabal como jefe de Estado Mayor del ejército, dejando al brigadier José Ramón de Leyva como encargado de gobernar Popayán mientras Nariño y el ejército continuaban la campaña.La marcha del ejército patriota fue dura, al entrar al Valle de Patía empezaron sufrir por las inclemencias del clima y también se vieron hostigados por las guerrillas realistas.[5] Al conocer la noticia de la marcha de Nariño, el mariscal Aymerich marchó con su ejército, compuesto por unos 1.228 (57 oficiales y 1.171 soldados) hombres y estableció su campamento en Matajaboy, sitio inmediato al río Juanaumbú, y el más apropiado para apoyar cualquiera de los puntos que el enemigo intentase forzar.Los enfrentamientos con los realistas se extendieron por dos semanas, hasta la apertura definitiva del camino a Pasto el 28 de abril.
