Fue hijo de Pedro Joaquín Chamorro Zelaya y su esposa Margarita Cardenal.
Hijos de su matrimonio con Violeta Chamorro Barrios son: Claudia, quien ha trabajado como escritora y pintora, así como Carlos, Pedro y Cristiana, periodistas que asumieron cargos políticos durante el último cuarto de siglo.
Los hechos de su detención, proceso y fuga los narra en su libro testimonial Estirpe sangrienta: los Somoza editado en Costa Rica en 1958.
En 1960 salieron libres por efecto de una amnistía general, Pedro Joaquín volvió a dirigir La Prensa.
En 1966 se formó la coalición de partidos políticos opuestos al somocismo Unión Nacional Opositora, UNO (no confundir con la UNO de 1990 que también usó el mismo nombre): Con esto intentaron derrotar al candidato del oficialista Partido Liberal Nacionalista PLN Anastasio Somoza Debayle (su excompañero de aula en el Instituto La Salle).
Los guardias abrieron fuego con sus fusiles semiautomáticos M1 Garand calibre 7,62 x 63 milímetros e hicieron una masacre; hubo entre 1000 y 1500 muertos, los dirigentes de la UNO se refugiaron en el Gran Hotel (actual Centro Cultural Managua) dos cuadras al norte de donde ellos estaban antes, por lo que una tanqueta Sherman cañoneó a ese edificio y al día siguiente Pedro Joaquín fue detenido.
Chamorro y sus camaradas fueron liberados por una amnistía en marzo de 1967, después que Tacho "ganó" las elecciones.
Como consecuencia al rompimiento de la Convención Política no vino la ayuda solicitada por el Régimen.
Entre los invitados a la fiesta, tomados como rehenes, estaba el Doctor Guillermo Sevilla Sacasa, esposo de Lillian Somoza Debayle, cuñado de Somoza, Embajador de Nicaragua en Estados Unidos y Decano del Cuerpo Diplomático en Washington D. C. junto con 20 personas, entre miembros del Gabinete Gubernamental y sus esposas.
Castillo Quant fue el único muerto en el operativo por un disparo que le hizo Cuadra al querer resistirse a la toma de su casa y el comando exigió la liberación de 8 reos sandinistas (entre ellos el actual Presidente de la nación Daniel Ortega Saavedra), medio millón de dólares y un avión con algunos rehenes para ir a Cuba tres días después, lo que se logró con la mediación de Monseñor Miguel Obando y Bravo, Arzobispo de Managua y también porque Lillian viajó a Managua para pedirle a su hermano Anastasio que cediera a las exigencias del FSLN y así evitar que mataran a su esposo.
Ahí discutieron y analizaron la postura del Frente Sandinista o FSLN de oposición a un diálogo nacional con el presidente Anastasio Somoza Debayle mientras Somoza había aceptado dialogar con Chamorro.
El parachoques delantero se abolló al igual que el guardafangos derecho y la capota del carro quedó desajustada por el choque, según el testimonio de las inspecciones que más tarde hicieron ese mismo día, en ambos carros, los jueces Zoila Luisa Ferrey de Ocón y Guillermo Rivas Cuadra, Jueces Tercero y Primero Local del Crimen de Managua respectivamente.
Una ambulancia partió al lugar hallando su cadáver, cuyos miembros lo reconocieron comprobando que había sido víctima de balazos, procediendo a trasladarlo al Hospital Oriental (hoy Hospital Roberto Calderón) ubicado en la Pista Portezuelo, en donde fue puesto en la morgue donde, según el Folio N.º 7 del expediente judicial, le realizó la autopsia el médico forense del Distrito Judicial de Managua, Dr. Miguel Ángel Aragón Picado comprobando que los perdigones (con trayectoria de derecha a izquierda) le atravesaron la cara y el tórax.
[2] Su hijo mayor, Pedro Joaquín Chamorro Barrios, estaba en La Prensa donde trabajaba como administrador y al ser llamado desde el mencionado hospital fue hacia allá a reconocer el cuerpo de su padre (su madre Violeta Barrios de Chamorro estaba en Miami, Florida, Estados Unidos, con su hija Cristiana).