Alfonso Cañón, Ernesto Díaz, Carlos "Copetín" Aponte, Jaime Silva, Hernando "Mono" Tovar, Héctor "Zipa" González, Alonso "Cachaco" Rodríguez, James Mina Camacho, Eduardo Niño, Adolfo "Tren" Valencia, Freddy Rincón, Léider Preciado, Agustín Julio, Iván López, Francisco Meza, Camilo Vargas, Juan Daniel Roa, y Daniel Torres entre otros, han sido jugadores de las divisiones menores del club.
Además, la nómina campeona tenía más canteranos como Bernardo Chía, Heliodoro Vásquez, Hernando Piñeros, James Mina Camacho, Germán "Basílico" González y José de los Santos Romero.
[22] En las décadas de 1980, y 1990, se destacaron en el equipo canteranos como Adolfo "Tren" Valencia, Freddy Rincón, James Mina Camacho, Eduardo Niño, William "Palmero" Morales, Hernando Cuero, Léider Preciado, Roberto Alfonso Cañón, Agustín Julio, Iván López, Nelson "Rolo" Flórez, Francisco Wittingham y Wilson Gutiérrez.
Jugadores como Adolfo "Tren" Valencia, Freddy Rincón, Eduardo Niño, William "Palmero" Morales, Hernando Cuero, y Roberto Alfonso Cañón fueron importantes para el título de la Copa Colombia en 1989.
[23] A principios del Siglo 21, destacaron canteranos en el equipo profesional como los ya mencionados Léider Preciado, Agustín Julio, e Iván López, además de Aldo Leão Ramírez, Francisco "Pacho" Delgado, Emmanuel Acosta, Jairo Suárez, Francisco Nájera, Pablo Pachón, Juan Carlos Toja y Pedro Portocarrero.
En el 2012, Independiente Santa Fe se coronó campeón por séptima vez en su historia, después de 36 años y medio sin ganar un título.
De esa nómina campeona, destacaron los canteranos Camilo Vargas, Francisco Meza, Julián Quiñones, Juan Daniel Roa, Daniel Torres, Hugo Acosta, Mario Gómez, Óscar Rodas, Héctor Urrego, quienes de la mano del jugador y técnico, nacido y forjado en las toldas cardenales Wilson Gutiérrez, ganaron el ansiado título.
Además el equipo tenía otros canteranos como Héctor Urrego, Ricardo Villarraga, Sebastián Salazar, Darío Rodríguez y Jhon Fredy Miranda.