Allí, fue uno de los jugadores más destacados, y gracias a sus buenos partidos; en 1966 fue fichado junto a su amigo José Miguel Cañón por el club Independiente Santa Fe, club del cual él se consideraba hincha.
En las inferiores del conjunto cardenal, Ernesto se destacó en varios partidos por lo que fue ascendido a la nómina profesional.
En ese año, Ernesto anotó varios goles; y jugó casi todos los partidos del campeonato.
En 1976, el delantero bogotano deja a Independiente Santa Fe, después de haber sido 2 veces campeón en 1971 y en 1975, y haber sido figura, goleador e ídolo del club; y se va a jugar al Standard Lieja del fútbol de Bélgica.
Gracias a sus grandes actuaciones con Independiente Santa Fe y la Selección Colombia, el Standard Lieja de Bélgica compró su pase.
En el Standard, jugó varios partidos mostrando su talento a pesar de que sufrió una dura lesión.
En 1983, tuvo más regularidad y llegó a ser uno de los delanteros destacados del equipo.
En su última etapa, el bogotano no fue la figura del equipo, pero igualmente fue un jugador importante dentro de la nómina por su experiencia.
Con Gottardi, se hizo una muy buena dupla que anotó varios goles.
En 1972, Ernesto fue convocado nuevamente para jugar en los Juegos Olímpicos de Múnich en Alemania.
Ernesto no fue el único futbolista dentro de su familia, ya que sus hijos Andrés Ernesto Díaz y Francisco Javier Díaz jugaron en algunos equipos del fútbol de Bélgica y en Independiente Santa Fe.