Luego de haber jugado por unos años en las divisiones inferiores, en el año 1964 Efraín fue ascendido a la nómina profesional junto a los bogotanos Alfonso Cañón, Germán Ávila y Hernando Piñeros; y debutó como profesional.

Un año después (1967), el equipo cardenal juego la Copa Libertadores de América por segunda vez en su historia y Efraín jugó en el histórico empate frente al Club Atlético River Plate en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá.

Desde su llegada al equipo barranquillero, se hizo un lugar en el onceno titular y jugó varios partidos.

En el año 1971, el equipo costeño jugó la Copa Libertadores por primera vez en su historia, y Castillo fue uno de sus jugadores destacados.

En ese torneo, Castillo compartió nomina con sus compañeros de equipo en Santa Fe; Alfonso Cañón, Aníbal Niño y Hernando Piñeros.