Por recomendación César Pastrana, presidente de Independiente Santa Fe, Juan Daniel pasó a las inferiores del equipo cardenal.

Roa, fue uno de los jugadores más destacados dentro de la nómina del equipo cardenal junto al argentino Omar Pérez, el paraguayo Germán Centurión, el boliviano Diego Aroldo Cabrera, y los colombianos Francisco Meza, Daniel Torres, Gerardo Bedoya, Luis Carlos Arias, Camilo Vargas, Yulián Anchico, Sergio Otálvaro, Hugo Alejandro Acosta, Jonathan Copete entre otros.

Roa fue uno de los jugadores destacados junto a Luis Manuel Seijas, Francisco Meza, Omar Pérez, Yulián Anchico, Sergio Otálvaro, Róbinson Zapata, Yerry Mina, Yeison Gordillo y Leyvin Balanta.

[9]​ Además, el equipo cardenal tuvo un buen rendimiento y a final del año, ganó el noveno título en su historia.

Roa destacó junto a sus compatriotas Leandro Castellanos, José Moya, Héctor Urrego, Yeison Gordillo, William Tesillo, Sebastián Salazar y Anderson Plata; además del argentino Jonathan Gómez.